将SLURM批处理命令行参数传递给R

Question

我正在尝试使用可以在R脚本中读取的各种参数来运行SLURM sbatch命令。 当使用PBS系统时，我曾经写过qsub -v param1=x,param2=y （+其他系统参数，例如内存要求等和PBS要读取的脚本名称），然后在R脚本中用x = Sys.getenv('param1')读取x = Sys.getenv('param1') 。

现在我尝试

sbatch run.sh --export=basePath=‘a’

使用run.sh：

#!/bin/bash

cd $SLURM_SUBMIT_DIR
echo $PWD

module load R/common/3.3.3

R CMD BATCH --quiet --no-restore --no-save runDo.R output.txt

并运行：

base.path = Sys.getenv('basePath')

print(base.path)

脚本正在运行，但是参数值未分配给base.path变量（它输出一个空字符串）。

Answer 1

必须将export参数传递给sbatch，而不是传递给run.sh脚本。

应该是这样的：

sbatch --export=basePath=‘a’ run.sh