從R中的runjags對象中刪除一個鏈

Question

我有一個runjags對象，有兩個鏈很好地混合（鏈1和3），一個沒有（鏈2）。 我怎樣才能修改runjags對象只包含鏈1和3？

這是一個使用runjag生成JAGS模型的可重現示例（盡管這里的鏈條混合得很好）。

library(runjags)

#generate the data
x <- seq(1,10, by = 0.1)
y <- x + rnorm(length(x))

#write a jags model
j.model = "
model{
#this is the model loop.
for(i in 1:N){
y[i] ~dnorm(y.hat[i], tau)
y.hat[i] <- m*x[i]
}

#priors
m ~ dnorm(0, .0001)
tau <- pow(sigma, -2)
sigma ~ dunif(0, 100)
}
"

#put data in a list.
data = list(y=y, x=x, N=length(y))

#run the jags model.
jags.out <- run.jags(j.model,
                     data = data,
                     n.chains=3,
                     monitor=c('m'))

實現此目的的一種方法是將runjags對象轉換為mcmc.list ，然后使用以下代碼刪除鏈：

trim.jags <- as.mcmc.list(jags.out)
trim.jags <- mcmc.list(trim.jags[[1]], trimjags[[3]])

但是，一旦在這個方向轉換，數據就不能放回runjags格式。 我真的想要一個將輸出保持為runjags格式的解決方案，因為我當前的工作流程依賴於runjags摘要輸出生成的格式。

Answer 1

看一下（肯定不是很明顯的名字）divide.jags函數：

jags_13 <- divide.jags(jags.out, which.chains=c(1,3))                     
jags_13
extend.jags(jags_13)
# etc

希望這完全符合您的要求。

馬特