如何在不丟失結構的情況下將 NESTED 列表強制為雙精度（R）
[英]How to coerce NESTED list into double without losing the structure (R)
似乎有很多關於如何將列表轉換為雙精度的問題，但似乎沒有任何東西可以保持列表的結構有效。 我有一個這樣的嵌套列表（R 輸出）： 我的列表 然后我將此列表傳遞給 JAGS 以迭代其元素。 在 JAGS 循環中，我想迭代第一個、第二個和第三個元素，然后檢索存儲在其中的數字，以便在另一個循環中再次迭 ...
關於JAGS中數組乘法的問題
[英]Question about array multiplication in JAGS
我正在處理按種族分層的人口估計，我想整合來自三個不同數據源（人口普查、PEP 和 ACS）的按種族分層的人口。 我開發了一個 model 來使用來自所有這三個來源的信息並估計真實人口，其定義為縣 c 時間 t 和種族 r 的 gamma.ctr（1 = 白人，2 代表非白人）。 問題是 PEP 數據 ...
在 Rjags/runjags 中，使用 dinterval 時出現“node inconsistent with parents”錯誤的原因是什么？
[英]In Rjags/runjags, what causes the "node inconsistent with parents" error when using dinterval?
我絞盡腦汁想出解決這個問題的方法，但我無能為力，首先：必要的背景。 湖泊中的水生植物是用耙子取樣的，你把耙子扔進湖里，然后把它拉回你的船里。 並且你弄清楚它的尖齒上有什么植物，在我們的例子中，我們測量存在/不存在以及“豐度”，但是以有序/間隔審查的方式 --> 如果物種 X 沒有被注意到它是 ...
更新每次模擬中的觀察次數（使用庫：runjags，parallel）
[英]Update number of observations in each simulation (using libraries: runjags, parallel)
我正在通過模擬 ID 拆分我的數據集，並將 runjags 函數同時應用於每個子集。 現在，每個模擬都包含 1000 個觀測值。 我知道有時觀察的數量會有所不同，因為我會刪除符合某些標准的行。 我不知道會丟棄多少觀察值，但我可以通過使用groupobs <- fulldata %>% ...
運行時錯誤：索引超出范圍獲取 theta 的子集
[英]RUNTIME ERROR: Index out of range taking subset of theta
我有一個看起來像這樣的數據框： 我正在使用 jags 執行 MCMC 算法，但我總是得到錯誤： 這是源文件： 這是我從原始源文件中使用的代碼： 回溯錯誤來自原始源文件中的行 有人可以幫我弄清楚為什么會出現錯誤： 另外，我在數據文件中將 s 變量更改為數字，但我沒有在這里顯示。 將其保留為字符也會產生 ...
如何指定嵌套 model
[英]How to specify nested model
我正在使用runjags來 model 一些分層數據。 我可以 model 層次結構的一級，但我不知道如何將其擴展到更多級別。 我正在嘗試使用“使用 WinBUGS 進行貝葉斯分層建模”的第 24 頁中的方法 3來執行此操作，該方法由 Nicky Best 等人撰寫，該方法使用嵌套循環（與嵌套索引 ...
在並行R中運行多個並行進程
[英]running multiple parallel processes in parallel R
我使用R中的runjags包在單獨的處理節點上運行每個鏈的貝葉斯統計模型。我想一次通過使用foreach包在並行循環中嵌套run.jags調用來一次擬合多個模型。 但是，這通常會導致錯誤消息，這很可能是因為foreach循環不“知道”該循環內我正在調用其他並行進程，因此內核可能被雙重分配了（或 ...
將jagam代碼插入runjags（JAGS）模型中
[英]Inserting jagam code into runjags (JAGS) model
我一直在嘗試將平滑處理納入我為模擬海鳥洞穴數量和整個島嶼分布而創建的runjags模型中。 通過從模型輸出中提取計數數據以及x和y坐標，並使用此頁面上的JAGAM教程，我設法生成了一些平滑代碼http://www.petrkeil.com/?p=2385 我認為我可以通過將平滑處理合並到 ...
運行Jags-從mcmc對象中提取多個實現
[英]Run Jags - extract multiple realisations from mcmc object
我有一個runjags腳本，可以為島上的每個單元生成預測的洞穴密度。 我正在尋找從每個單元的mcmc對象獲得多個繪圖（大約100個）。 我的論文主管認為我應該可以使用尾碼包來做到這一點，但我只能提取每個單元的平均值，而不是多個實現。 用於運行模型並提取平均值的代碼： 誰能告訴我 ...
JAGS錯誤-可能涉及以下某些或所有節點的有向循環
[英]JAGS error - Possible directed cycle involving some or all of the following nodes
完整的數據集包含〜11,000行。 在檢查代碼是否運行的同時，我一直在以K = 400運行代碼。 所有行都與地圖上的特定單元格相關，並包含從Sentinel-2圖像和數字高程圖提取的信息。 117個細胞的子集還包含在實地考察中記錄的棲息地協變量。 因此，某些列（包括響應變量（S1 ...
運行JAGS並行時的DIC和PED
[英]DIC and PED when running JAGS parallely
我正在並行運行JAGS，即每個鏈在單獨的進程/線程中。 我正在調用run.jags(..., method = "rjparallel", params = c(..., "dic", "ped")) 。 我收到以下錯誤： 使用平行或分開的鏈條時，無法評估DIC，PED，pD，fu ...
錯誤傳遞模型JAGS
[英]error passing model JAGS
我目前正在使用JAGS工具箱進行多元回歸分析。 我正在使用runjags，但是仍然出現錯誤： 我的模型如下所示： 錯誤應在此行中： 但是，我不知道錯誤是從哪里來的。 有人可以幫助我嗎？ ...
修剪mcmc.list中的尖齒/ rjags / runjags
[英]trimming mcmc.list in jags / rjags / runjags
我在R中有一個runjags模型的輸出作為mcmc.list 。 以下是生成3個鏈的1,000個樣本的代碼。 我想將所有12條鏈修剪到最后400個樣本。 我可以拆開鏈並將鏈輸出矩陣保存在列表中，但是它不再是mcmc.list而且我不知道如何將其轉換回mcmc.list。 這是一些數據 ...
用JAGS中的自變量矩陣乘以參數向量
[英]Multiplying a vector of parameters by a matrix of independent variables in JAGS
我正在使用dirlichet分布在JAGS中擬合多元模型。 我有3個物種比例豐度的矩陣y 。 我有一個x的預測值矩陣，第一個是截距。 我指定了一個多變量jags.model模型jags.model ： 我設置了JAGS數據對象jags.data ： 我使用R中的 ...
在JAGS中擬合多變量dirlichet模型
[英]Fitting a multivariate dirlichet model in JAGS for R
我試圖使用JAGS將多變量模型擬合到物種組成數據，在R中實現。我有3種物種相對豐度的數據（界限在[0,1]之間），其中兩個是相關的。 這是生成類似數據的代碼。 y是我的三個因變量y1 ， y2和y3的data.frame。 我想為這些數據擬合一個僅攔截模型，使用dirlichet d ...
使用R中的JAGS進行結果預測
[英]Outcome prediction using JAGS from R
[代碼已更新，不再與錯誤消息相對應] 我試圖了解JAGS如何預測結果值（對於混合馬爾可夫模型）。 我已經在包含結果m和協變量x1 ， x2和x3的數據集上訓練了模型。 在不固定參數值的情況下預測結果在R中有效，但是輸出似乎完全是隨機的： 編譯rjags模型...使用 ...
在JAGS中為R指定分層模型
[英]specifying a hierarchical model in JAGS for R
我有一些相關變量y數據，可以將它們建模為協變量x1和x2的函數。 y和x1在“圖”級別觀察到，而x2在“站點”級別觀察到。 情節分層地嵌套在站點內。 這是y 100個觀察值以及相關的協變量數據。 我可以使用數據框plot_data將y建模為x1和x2的函數，而在plot_data沒 ...
從R中的runjags對象中刪除一個鏈
[英]Remove a chain from a runjags object in R
我有一個runjags對象，有兩個鏈很好地混合（鏈1和3），一個沒有（鏈2）。 我怎樣才能修改runjags對象只包含鏈1和3？ 這是一個使用runjag生成JAGS模型的可重現示例（盡管這里的鏈條混合得很好）。 實現此目的的一種方法是將runjags對象轉換為mcmc.list ...
大型監視列表
[英]Large Monitor List for runjags
我使用runjags試圖監視大量值。 監視器列表的格式是一串值，在這種情況下，我要求僅監視3，Y [14]，Y [15]，Y [3]。 假設我想監視數百個值。 我可以創建此字符串，但它只是返回到提示“ +”。 並且無法運行。 可以創建並作為參數傳遞的字符串的大小是否有上限？ ...
jags.model中的錯誤
[英]Error in jags.model
我是R和JAGS的新手，甚至沒有編程經驗。 我正在嘗試為某些數據建立分層模型，但出現此錯誤： 在下面的代碼運行結束時。 我究竟做錯了什么？ 如何避免該錯誤？ ...