條形圖繪制不同序列長度的DNA頻率

Question

我將此數據df<- read.table("WT1.txt", header= TRUE) df讀取為df<- read.table("WT1.txt", header= TRUE) 。 我想繪制每個長度值的直方圖標簽ACGT頻率。 有沒有更好的方法來繪制此圖？

df

 length      A      C      G       T
     17  95668  73186 162726  730847
     18 187013  88641 120631  334695
     19 146061 373719 152215  303973
     20 249897  73862 115441  343179
     21 219899  82356 109536  636704
     22 226368 101499 111974 1591106
     23 188187 112155  98002 1437280

Answer 1

您可以通過可變length將數據幀融為長格式，並使用ggplot2繪制堆疊的條形圖：

df <- read.table(text=
    "length      A      C      G       T
     17  95668  73186 162726  730847
     18 187013  88641 120631  334695
     19 146061 373719 152215  303973
     20 249897  73862 115441  343179
     21 219899  82356 109536  636704
     22 226368 101499 111974 1591106
     23 188187 112155  98002 1437280", header=T)
library(reshape2)
df <- melt(df, id.vars = "length")
library(ggplot2)
ggplot(df)+
  geom_bar(aes(x=length, y=value, fill=variable), stat="identity")

Answer 2

使用dplyr計算每個基准的頻率，並使用ggplot2繪制條形圖。 我更喜歡使用stat = "identity", position = "dodge"而不是僅使用stat = "identity"因為它可以更好地理解數據的外觀。

library(tidyverse)

gather(df, Base, value, -length) %>%
    group_by(length) %>%
    mutate(frequency = value / sum(value)) %>%
    ggplot(aes(factor(length), y = frequency, fill = Base))+
        geom_bar(stat = "identity", position = "dodge",
                 color = "black", width = 0.6) +
        labs(x = "Base pairs", 
             y = "Frequency",
             fill = "Base") +
        scale_y_continuous(limits = c(0, 1)) +
        scale_fill_brewer(palette = "Set1") +
        theme_classic()