条形图绘制不同序列长度的DNA频率

Question

我将此数据df<- read.table("WT1.txt", header= TRUE) df读取为df<- read.table("WT1.txt", header= TRUE) 。 我想绘制每个长度值的直方图标签ACGT频率。 有没有更好的方法来绘制此图？

df

 length      A      C      G       T
     17  95668  73186 162726  730847
     18 187013  88641 120631  334695
     19 146061 373719 152215  303973
     20 249897  73862 115441  343179
     21 219899  82356 109536  636704
     22 226368 101499 111974 1591106
     23 188187 112155  98002 1437280

Answer 1

您可以通过可变length将数据帧融为长格式，并使用ggplot2绘制堆叠的条形图：

df <- read.table(text=
    "length      A      C      G       T
     17  95668  73186 162726  730847
     18 187013  88641 120631  334695
     19 146061 373719 152215  303973
     20 249897  73862 115441  343179
     21 219899  82356 109536  636704
     22 226368 101499 111974 1591106
     23 188187 112155  98002 1437280", header=T)
library(reshape2)
df <- melt(df, id.vars = "length")
library(ggplot2)
ggplot(df)+
  geom_bar(aes(x=length, y=value, fill=variable), stat="identity")

Answer 2

使用dplyr计算每个基准的频率，并使用ggplot2绘制条形图。 我更喜欢使用stat = "identity", position = "dodge"而不是仅使用stat = "identity"因为它可以更好地理解数据的外观。

library(tidyverse)

gather(df, Base, value, -length) %>%
    group_by(length) %>%
    mutate(frequency = value / sum(value)) %>%
    ggplot(aes(factor(length), y = frequency, fill = Base))+
        geom_bar(stat = "identity", position = "dodge",
                 color = "black", width = 0.6) +
        labs(x = "Base pairs", 
             y = "Frequency",
             fill = "Base") +
        scale_y_continuous(limits = c(0, 1)) +
        scale_fill_brewer(palette = "Set1") +
        theme_classic()