在R中並行化嵌套的for循環

Question

我想並行化R中的以下代碼。這是一個嵌套的for循環。

for (i in 1:nrow(my_dataset_preprocessed)){
    for (j in 1:ncol(my_dataset_preprocessed)){
      my_dataset_preprocessed[i,j] = min( my_dataset_preprocessed[i,j], 0.1 ) 
    }
}

我正在嘗試使用doParallel的以下代碼

library(foreach)
library(doParallel)
registerDoParallel(detectCores())
clusterExport(cl, "my_dataset")

threshold_par <- function (X) { 
  co <- foreach(i=1:nrow(X)) %:%
                foreach (j=1:ncol(X)) %dopar% {   
                  co = min( X[i,j], 0.1 )
                }
  matrix(unlist(co), ncol=ncol(X))
}

system.time(threshold_par(my_dataset))

但是我收到以下錯誤：

{中的錯誤：任務1失敗-“參數的'類型'（列表）無效”

有沒有更好的方法來並行化此代碼（可能使用parLapply）？ 如果沒有，如何解決以上代碼？

Answer 1

您沒有聲明cl 。 如果刪除clusterExport(cl, "my_dataset")以下方法會起作用

library(foreach)
library(doParallel)    
registerDoParallel(detectCores())
getDoParWorkers()
# [1] 8

threshold_par <- function (X) { 
  co <- foreach(i=1:nrow(X)) %:%
                foreach (j=1:ncol(X)) %dopar% {   
                  co = min( X[i,j], 0.1 )
                }
  matrix(unlist(co), ncol=ncol(X))
}

test <- matrix(1:4, ncol=2)
system.time(threshold_par(test))
#      user  system elapsed 
#      0.01    0.00    0.02