R - 素食套餐。 元MDS錯誤

Question

我想知道為什么我在運行 metaMDS 時遇到此錯誤：

'comm' 有負面數據：'autotransform'、'noshare' 和 'wascores' 設置為 FALSE

我想做 NMDS 和樹狀圖，但可以用上面的錯誤來做。

如果有人想檢查DATASET ，我的數據集可供下載。 導入數據后，我轉置了列和行。 之后，在嘗試運行 metaMDS 之前，我用 O 替換了 NA 值。

    abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)        
    abundance[is.na(abundance)] <- 0
    abundance_trans <- t(abundance)
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50)

Answer 1

1. 它不是錯誤消息，而是信息： metaMDS告訴您您有負數據條目，並且它不會做出一些它默認對非負數據執行的技巧。
2. 第二個問題是您要求僅適用於非負數據的 Bray-Curtis 差異。

您有兩種選擇：要么處理負值，要么使用可以處理它們的不同度量。 如果您認為您沒有負面數據，那您就錯了：計算機知道。 讀入數據時可能會出錯，並且可能有不應該有的列或行。 檢查您的數據。