R-根據其他兩列的比較將值分配給一列

Question

假設我有以下數據：

SNP eff_allele A1 A2
rs1000000 A A G
rs10000010 C C T
rs1000002 T T C
rs10000023 G T G

我想創建一個新的變量alt_allele，該變量采用列A1或A2的值，具體取決於列eff_allele的值。 如果eff_allele等於A1，則alt_allele應獲取A2的值，如果eff_allele等於A2，則alt_allele應獲取A1的值。 我做了兩次嘗試：

嘗試1：

if (myData$eff_allele == myData$A1) {
myData$alt_allele <- myData$A2
}
if (myData$eff_allele == myData$A2) {
myData$alt_allele <- myData$A1
}

嘗試2：

height_fam$alt_allele[height_fam$eff_allele == height_fam$A1] <- height_fam$A2
height_fam$alt_allele[height_fam$eff_allele == height_fam$A2] <- height_fam$A1

這兩個都不起作用...我在做什么錯？ 如何實現對數據的以下更新：

SNP eff_allele A1 A2 alt_allele
rs1000000 A A G G
rs10000010 C C T T
rs1000002 T T C C
rs10000023 G T G T

Answer 1

在R和matlab盡量不要使用循環，它們比較慢。 嘗試通過向量 s解決您的問題。

編輯 ：哦，我讀錯了您的問題，無論如何您都沒有使用向量:)

a=read.table("a.csv", sep = " ", header = T)
row = dim(a)
# Number of rows
row = row[2]
newcol = rep("",row)
A1 = as.character(a$A1)
A2 = as.character(a$A2)
eff_allele = as.character(a$eff_allele)
# a1_ind is FALSE for index that should be equal to A1
a1_ind = eff_allele!= A1
newcol[a1_ind] = A1[a1_ind]
newcol[!a1_ind] = A2[!a1_ind]
a = cbind(a,newcol)

輸出將是：

         SNP eff_allele A1 A2 newcol
1  rs1000000          A  A  G      G
2 rs10000010          C  C  T      T
3  rs1000002          T  T  C      C
4 rs10000023          G  T  G      T