如何在R中的數據集中使用PC（來自PCA）？

Question

我是R學習者。 我正在研究來自互聯網的“人類活動識別”數據集。 它具有563個變量，最后一個變量是必須預測的類變量“活動”。

我正在嘗試從R的CARET包中使用KNN算法。

我創建了另一個包含561個數字變量的數據集，但不包括最后2個-主題和活動。

我以此運行PCA，並決定使用前20台PC。

pca1 <- prcomp(human2, scale = TRUE)

我將這些PC的數據保存在另一個名為“ newdat”的數據集中

newdat <- pca1$x[ ,1:20]

現在我嘗試運行以下代碼：但是它給了我錯誤，因為此newdat沒有我的類變量

trctrl <- trainControl(method = "repeatedcv", number = 10, repeats = 3)
set.seed(3333)
knn_fit <- train(Activity ~., data = newdat, method = "knn",
                 trControl=trctrl,
                 preProcess = c("center", "scale"),
                 tuneLength = 10)

我試圖從原始數據中提取最后一列“活動”，並使用帶有“ newdat”的cbind（）將其附加在knn-fit上（上面），但未附加。

有什么建議如何使用電腦？

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下面是代碼：

human1 <- read.csv("C:/NIIT/Term 2/Prog for Analytics II/human-activity-recognition-with-smartphones (1)/train1.csv", header = TRUE)
humant <- read.csv("C:/NIIT/Term 2/Prog for Analytics II/human-activity-recognition-with-smartphones (1)/test1.csv", header = TRUE)

#taking the predictor columns
human2 <- human1[ ,1:561]


pca1 <- prcomp(human2, scale = TRUE)
newdat <- pca1$x[ ,1:15]
newdat <- cbind(newdat, Activity = as.character(human1$Activity))

pca1 <- preProcess(human1[,1:561], 
                   method=c("BoxCox", "center", 
                            "scale", "pca"))
PC = predict(pca1, human1[,1:561])


trctrl <- trainControl(method = "repeatedcv", number = 10, repeats = 3)
set.seed(3333)
knn_fit <- train(Activity ~., data = newdat, method = "knn",
                 trControl=trctrl,
                 preProcess = c("center", "scale"),
                 tuneLength = 10)

#applying knn_fit to test data

test_pred <- predict(knn_fit, newdata = testing)
test_pred

#checking the prediction
confusionMatrix(test_pred, testing$V1 )

我在以下部分遇到錯誤。 我附有錯誤：

> knn_fit <- train(Activity ~., data = newdat, method = "knn",
+                  trControl=trctrl,
+                  preProcess = c("center", "scale"),
+                  tuneLength = 10)
Error: cannot allocate vector of size 1.3 Gb

Answer 1

您如何嘗試綁定該列，請顯示代碼？ 我認為您只是進入StringsAsFactors = TRUE產生的困難。 以下行是否解決了您的問題：

#...
#newdat <- pca1$x[ ,1:20]    
newdat <- cbind(newdat, Activity = as.character(human2$Activity))