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[英]Bash script to run diff command on files in two directories and provide custom side by side output?
[英]Bash How to execute a command for files in two directories
我知道此bash代碼可對一個目錄中的所有文件執行操作:
for files in dir/*.ext; do
cmd option "${files%.*}.ext" out "${files%.*}.newext"; done
但是,現在我必須對一個目錄中的所有文件以及另一個目錄中的所有文件具有相同文件名但具有不同擴展名的所有文件執行操作。 例如
directory 1 -> file1.txt, file2.txt, file3.txt
directory 2 -> file1.csv, file2.csv, file3.csv
cmd file1.txt file1.csv > file1.newext
cmd file2.txt file2.csv > file2.newext
我不能比較兩個文件,但是我必須執行的腳本需要兩個文件才能生成另一個文件(尤其是我必須執行bwa samsa path_to_ref/ref file1.txt file1.csv > file1.newext
)
你可以幫幫我嗎?
謝謝您的回答!
在bash中使用變量操作:
$ for f in test/* ; do t="${f##*/}"; echo "$f" test2/"${t%.txt}".csv ; done
test/file1.txt test2/file1.csv
test/file2.txt test2/file2.csv
test/file3.txt test2/file3.csv
編輯:
實施@ DavidC.Rankin的保險建議:
$ touch test/futile
for f in test/*
do
t="${f##*/}"
t="test2/${t%.txt}".csv
if [ -e "$t" ]
then
echo "$f" "$t"
fi
done
test/file1.txt test2/file1.csv
test/file2.txt test2/file2.csv
test/file3.txt test2/file3.csv
嘗試:
for file in path_to_txt/*.txt; do
b=$(basename $file .txt)
cmd path_to_txt/$b.txt path_to_csv/$b.csv
done
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