For循環讀取表R

Question

我想遍歷目錄名稱的向量，並將目錄名稱插入read.table函數，並在循環外“查看”表。 我有一個目錄名稱向量：

dir_names <- c("SRR2537079","SRR2537080","SRR2537081","SRR2537082", "SRR2537083","SRR2537084")

我現在想遍歷這些並讀取每個目錄中的表。 我有：

 list.data<-list()

    for(i in dir_names){
     #print(i)
     list.data[[i]] <- read.table('dir_names[i]/circularRNA_known.txt', header=FALSE, sep="\t",stringsAsFactors=FALSE)
    }

但這不能識別dir_names [i]。 我必須以某種方式使用粘貼嗎？

Answer 1

沒錯，您需要粘貼值。 我也將成為列表元素而不是數字，因此您無需將其稱為dir_names [i]

list.data<-list()

for(i in dir_names){
 #print(i)
 list.data[[i]] <- read.table(paste0(i,'/circularRNA_known.txt'), header=FALSE, sep="\t",stringsAsFactors=FALSE)
}

我是否還可以建議（僅針對您的信息，如果您需要更好的解決方案）可以使用plyr的llply而不是循環。 這意味着所有操作都可以在一行內完成，並且可以輕松更改輸出以將所有文件合並為data.frame（使用ldply）（如果格式一致）

list.data.2 <- llply(dir_names, function(x) read.table(paste0(x,"/circularRNA_known.txt"), header=FALSE, sep="\t",stringsAsFactors=FALSE))

Answer 2

dir_names[i]應該用作變量。

 list.data<-list()

for(i in (1:length(dir_names))){
 #print(i)
 list.data[[i]] <- read.table(paste0(dir_names[i], '/circularRNA_known.txt'), header=FALSE, sep="\t",stringsAsFactors=FALSE)
}