將HDF轉換為地理參考文件（geotiff，shapefile）

Question

我正在處理有關海洋主要生產力的28個HDF4文件（可以在此處找到年度.tar文件： http : //orca.science.oregonstate.edu/1080.by.2160.monthly.hdf.cbpm2.v.php ）目標是進行一些計算（我需要計算每個區域的濃度並獲得幾年的平均值，即在空間上合並所有文件），然后將它們轉換為可以在ArcGIS中使用的地理參考文件（最好是shapefile或geotiff）。

我嘗試了幾種轉換為ASCII或光柵文件，然后使用gdalUtils工具（例如gdal_translate和get_subdatasets添加投影的方法。 但是，由於HDF4文件未按標准命名（與MODIS文件不同），因此后者不起作用，並且我無法訪問這些子集。

這是我用來轉換為柵格的代碼：

library(raster)
library(gdalUtils)

setwd("...path_to_files...")

gdalinfo("cbpm.2015060.hdf")
hdf_file <- "cbpm.2015060.hdf"

outfile="testout"
gdal_translate(hdf_file,outfile,sds=TRUE,verbose=TRUE)
file.rename(outfile,paste("CBPM_test",".tif",sep="")) 

rast <- raster("CBPM_test.tif")

wgs1984 <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0")
projection(rast) <- wgs1984
#crs(rast) <- "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" 

plot(rast)

writeRaster(rast, file="CBPM_geo.tif", format='GTiff', overwrite=TRUE)

產生的投影完全關閉。 我非常感謝您提供幫助（最好是批量處理）如何做到這一點（通過任何有效的格式進行轉換）。

Answer 1

您尚未設置柵格的范圍，因此假設柵格的比例為1：ncols，1：nrows，這對緯度較長的數據集來說是不合適的...

gdalinfo表示其意圖是成為一個完整的領域，因此，如果我這樣做：

 extent(rast)=c(xmn=-180, xmx=180, ymn=-90, ymx=90)
 plot(rast)
 writeRaster(rast, "output.tif")

我看到的柵格具有完整的全球緯度-緯度范圍，當我將柵格加載到QGIS中時，它會與OpenStreetMap很好地覆蓋。

文件中似乎沒有足夠的元數據來進行精確的投影（地球半徑和偏心率是多少？），所以不要嘗試對這些數據進行小規模的處理...

外觀如下：

另外，您已經跳過了一些不必要的內容以閱讀本文。 您可以直接閱讀HDF並設置其范圍和投影：

> r = raster("./cbpm.2017001.hdf")

我們得到什么：

> r
class       : RasterLayer 
dimensions  : 1080, 2160, 2332800  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 1, 1  (x, y)
extent      : 0, 2160, 0, 1080  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : NA 
data source : /home/rowlings/Downloads/HDF/cbpm.2017001.hdf 
names       : cbpm.2017001 

設定范圍：

> extent(r)=c(xmn=-180, xmx=180, ymn=-90, ymx=90)

和投影：

> projection(r)="+init=epsg:4326"

土地價值為NA：

> r[r==-9999]=NA

編寫，繪制：

> writeRaster(r,"r.tif")
> plot(r)