使用model.matrix函數設計基因表達矩陣

Question

需要一些幫助。 我的數據如下所示：

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

樣本1至4正常，樣本5至10異常。

數據存儲在稱為DF的數據幀中。 需要使用model.matrix函數創建設計矩陣，其思想是使用此信息來擬合線性模型，從而能夠識別差異基因。

我不知道如何創建設計矩陣。 我已經閱讀了文檔，但是卻無濟於事。 該函數的語法似乎不適合於我所擁有的格式。

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Answer 1

你需要類似的東西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

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