使用RColorBrewer根據頂點屬性設置igraph頂點顏色

Question

我在iGraph中有一個網絡，該網絡具有代表各種因素的多個頂點屬性。 當我基於特定屬性繪制圖形時，我想為頂點着色。 類似於在ggplot使用color = variable的ggplot 。

plot()的參數vertex.color可用於為網絡中的所有頂點設置頂點顏色，或者它可以接受RGB值並為每個頂點設置頂點顏色。

我已經將RColorBrewer視為創建貨盤的一種方式，但是我不確定如何將其映射回頂點屬性。 我也不想硬編碼每個屬性值的顏色，因為我有多個屬性，每個屬性具有不同的級別數。

library(igraph)
library(RColorBrewer)

# create an example network
g <- make_ring(5)

# assign vertex attributes
g <- set.vertex.attribute(g, 'group', 1, 'A')
g <- set.vertex.attribute(g, 'group', 2, 'A')
g <- set.vertex.attribute(g, 'group', 3, 'B')
g <- set.vertex.attribute(g, 'group', 4, 'B')
g <- set.vertex.attribute(g, 'group', 5, 'C')

# create color pallet based on unique values for vertex attribute
pal <- brewer_pal(length(unique(V(g)$group)), "Dark2")

# plot network
plot(g, vertex.color = "gray")

Answer 1

錯字？ 至少在我的RColorBrewer版本中，它是brewer.pal而不是brewer_pal

我們想使用group屬性的值從生成的調色板中選擇一種顏色，但是這些值是字符串，而不是數字。 一種解決方法是將字符串轉換為因數，然后將其用作數字。 這樣會將每個唯一的字符串值轉換為唯一的數字值。 我們可以用它來選擇顏色。

plot(g, vertex.color = pal[as.numeric(as.factor(vertex_attr(g, "group")))])