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[英]shell tool (awk/grep/sed etc) to remove text after number and before a fixed marker
[英]Remove characters from specific point until before space using sed or awk
我想從特定的點刪除字符,直到第一個空格之前(不刪除空格本身)。 例如,我的file.txt如下:-
>DN256845_c2_g1_i1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_g2_i19 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_g3_i32 len=16728 CGAAACT
“ X”是數字,例如1或19或32,我希望它是:-
>DN256845_c2_g1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_g2 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_g3 len=16728 CGAAACT
我曾經使用sed 's/_i.*//'
但是它刪除了_i
之后的所有內容。 我嘗試過的其他代碼是sed 's/_i.*\\./\\ /g'
, sed -E 's/_i.*+[^[: :]]//g'
最終沒有改變。
如何使用sed / awk或任何其他方法解決此問題? 感謝您的幫助。 謝謝!
編輯:根據Sundeep的建議,我對問題進行了編輯以便於理解。 此數據實際上是Trinity成績單標識符。 我需要刪除標識符(_i1等)以進行一些分析)。
在awk中:
$ awk '{sub(/_[^_ ]+ /," ")}1' file
>DN256845_c2_gXX len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX len=16728 CGAAACT
與sed
相同:
$ sed 's/_[^_ ]\+ / /' file
替換下划線的第一個實例,除下划線或空格和帶空格的空格外的所有內容。
編輯:我想知道為什么我沒有發布這個明顯的awk操縱$ 1的結尾:
$ awk '{sub(/_[^_]+$/,"",$1)}1' file
“ X”是數字,例如1或19或32
盡可能使樣本接近實際用例是一個好主意。 我更改了樣本數據,將i
更改為數字X
如果這沒有幫助,請向問題中添加更好的樣本
$ cat ip.txt
>DN256845_c2_gXX_i1 len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX_i19 len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX_i32 len=16728 CGAAACT
$ sed 's/_i[0-9]* / /' ip.txt
>DN256845_c2_gXX len=56274 ACGGAGG
>DN256532_c0_gXX len=23973 AATACTC
>DN256979_c8_gXX len=16728 CGAAACT
_i[0-9]*
匹配_
后跟零個或多個數字,后跟空格 對於此用例,也可以縮短為
sed 's/_i[^ ]*//' ip.txt
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