如何在R中使用grep函數根據樣本名稱查找相關性

Question

我有兩個包含有關基因信息的數據框。 這兩個數據幀具有相同的尺寸（20,000行x 50列）。 我還有一個名為info的文件，其中包含這些數據框之間匹配的主題名稱。 我想從文件（信息）中提取名稱，以找到匹配主題之間的相關系數。 這是這些文件的示例：

df1
gene_name    loc1  loc2 .........  loc50
gene1        1        23              25
gene2        24       15              67

df2
gene_name    loc1  loc2 .........  loc50
gene1        21       31              55
gene2        2       65              89

info file
subject     loc_in_df1   loc_in_df2
1                loc1          loc2
2                loc3          loc46   

Answer 1

試試下面的東西

首先根據信息文件，使用從df1和df2提取的列建立一個df

df <- cbind(df1[, info$loc_in_df1],df2[, info$loc_in_df2]) 

和

cor = apply(df, MARGIN = 1, FUN = function(x) return(cor.test(x[1:50], x[51:100])$estimate))

1:50和51：100假設您的信息文件中有50個配對，但這只是猜測，因為您沒有提供可重復的樣本