如何在R中使用Gamm模型指定隨機效果？

Question

我在mgcv軟件包中使用gamm模型來分析特定多樣性的度量方式，例如。 香農會隨時間和環境變量而變化，例如。 溫度。

到目前為止，我已經有了初始模型來分析時間序列：

modf<-gamm(y~ as.factor(year) + s(doy,bs='cc',k=kdy),method=mth,correlation=tcor,data=d,
           control=ctrl,random=NULL,gamma=1)

我想將溫度作為隨機效應包括在內，並想做類似的事情：

modf<-gamm(y~ as.factor(year) + s(doy,bs='cc',k=kdy), + s(temp,bs="re"),method=mth,
           correlation=tcor,data=d,control=ctrl,gamma=1)

但是，到目前為止，我只看過gam而不是gamm。 這樣還可以嗎？

數據結構類型的示例：

doy是“一年中的某天”並說明季節性

謝謝

Answer 1

除非您希望temp的線性效應在分組因子的水平內變化，否則您似乎想做的事情毫無意義。

通常，您可以使用random作為指定此隨機斜率

list(group = ~ x)

其中group是因子分組變量，而x是您的temp 。

你問與temp = ~ 1是的唯一值的隨機攔截temp ，這可能是太奢侈了數據。

等效於s(time, bs = "re")要求您從random公式中刪除截距：

 list(group = ~ x - 1)

但您仍然需要一個group變量。

如果只想控制temp ，請將其作為線性參數效果（ + temp ）或平滑效果（ + s(temp) ）添加到gamm()模型公式中。