R降價通過Knitr + Pandoc到html：錯誤137

Question

我有以下問題：我有一個.Rmd文件，可以使用Rstudio按鈕通過knitr + pandoc編譯為html。 在此.Rmd文件中，我按照此處描述的方法將json數據傳遞到js層： http : //livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

這是因為我想將數據用於某些自定義d3視覺效果。 這對於少量數據似乎很好，但是當我嘗試傳遞更大的數據時，從.Rmd編譯為html時出現問題； 問題似乎與pandoc有關，因為我得到了：

Pandoc文檔轉換失敗，錯誤137

我試圖在網上到處尋找該錯誤消息的解釋，但沒有任何運氣。 有誰知道這個錯誤是什么意思？

Answer 1

研究錯誤后，我仍然無法修復它。 但是，我有一種解決方法，可以將任意json數據注入使用R markdown生成的html報表中，而無需完全通過pandoc； 后者似乎不喜歡使用例如中所述的方法注入大量json

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

因為這137錯誤對我來說似乎與pandoc有關，因為它需要很長時間才能終止，因此終止了對html的轉換過程。

解決方法非常簡單：與其在knitr編譯步驟中通過使用asis選項（如上面的鏈接所述）將其包含在塊中來注入json數據，不如將json數據附加到末尾。在通過knitr和pandoc編譯生成的html文件中。 換句話說，將json數據注入kitr + pandoc步驟的輸出html文件中。

假設要編譯為html的rmd文件駐留在已安裝的程序包中，並遵循以下建議：

在DOM中嵌入任意JSON的最佳實踐？

為了在DOM中嵌入json數據，可以使用具有以下功能的xml2包來實現此目標：

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

在上面的函數中，data_arr應該是一個命名列表，其元素是json字符串，例如，通過使用jsonlite :: toJSON轉換R對象而獲得，其名稱是用於在javascript層中存儲數據的變量名稱。 。 通過這種方式，可以將任意大小的json注入R markdown生成的html中，以供javascript處理。