R降价通过Knitr + Pandoc到html：错误137

Question

我有以下问题：我有一个.Rmd文件，可以使用Rstudio按钮通过knitr + pandoc编译为html。 在此.Rmd文件中，我按照此处描述的方法将json数据传递到js层： http : //livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

这是因为我想将数据用于某些自定义d3视觉效果。 这对于少量数据似乎很好，但是当我尝试传递更大的数据时，从.Rmd编译为html时出现问题； 问题似乎与pandoc有关，因为我得到了：

Pandoc文档转换失败，错误137

我试图在网上到处寻找该错误消息的解释，但没有任何运气。 有谁知道这个错误是什么意思？

Answer 1

研究错误后，我仍然无法修复它。 但是，我有一种解决方法，可以将任意json数据注入使用R markdown生成的html报表中，而无需完全通过pandoc； 后者似乎不喜欢使用例如中所述的方法注入大量json

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

因为这137错误对我来说似乎与pandoc有关，因为它需要很长时间才能终止，因此终止了对html的转换过程。

解决方法非常简单：与其在knitr编译步骤中通过使用asis选项（如上面的链接所述）将其包含在块中来注入json数据，不如将json数据附加到末尾。在通过knitr和pandoc编译生成的html文件中。 换句话说，将json数据注入kitr + pandoc步骤的输出html文件中。

假设要编译为html的rmd文件驻留在已安装的程序包中，并遵循以下建议：

在DOM中嵌入任意JSON的最佳实践？

为了在DOM中嵌入json数据，可以使用具有以下功能的xml2包来实现此目标：

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

在上面的函数中，data_arr应该是一个命名列表，其元素是json字符串，例如，通过使用jsonlite :: toJSON转换R对象而获得，其名称是用于在javascript层中存储数据的变量名称。 。 通过这种方式，可以将任意大小的json注入R markdown生成的html中，以供javascript处理。