[英]Plot size and resolution with R markdown, knitr, pandoc, beamer
默认情况下不适合幻灯片,甚至不通过任何其他方式打印。
这是.Rmd: 编辑:似乎你必须在每个块中使用plot()。 第二个图现在打印。
# Plot should show at high resolution
```{r echo=FALSE, comment = ""}
# load some data
require(plyr)
rbi <- ddply(baseball, .(year), summarise,
mean_rbi = mean(rbi, na.rm = TRUE))
```
```{r}
# plot
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
# Second attempt
```{r, fig.width = 2, fig.height = 2}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
# Third attempt
```{r, out.width = 2, out.height = 2}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
# Fourth attempt
```{r, out.width = '200px', out.height = '200px'}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
# Fifth attempt
```{r, out.width = '\\maxwidth'}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
保存为test.Rmd
然后使用test.Rmd
编译为tex:
knit("test.Rmd")
system("pandoc -s -t beamer --slide-level 1 test.md -o test.tex")
在RStudio中打开test.tex
,然后单击“编译PDF”。
我已经阅读了Yihui的文档 ,希望我没有错过任何非常明显的内容。
编辑包含易辉建议的新代码。
```{r setup, include=FALSE}
opts_chunk$set(dev = 'pdf')
```
# Plot should show at high resolution
```{r echo=FALSE, comment = ""}
# load some data
require(plyr)
rbi <- ddply(baseball, .(year), summarise,
mean_rbi = mean(rbi, na.rm = TRUE))
```
```{r}
# plot
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
# Second attempt
```{r, fig.width = 4, fig.height = 4}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```
sessionInfo()
R version 3.0.1 (16/05/2013)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Local:
[1] LC_CTYPE = en_US.UTF-8 LC_NUMERIC = C LC_TIME = C LC_COLLATE = C
[5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=C LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] plyr_1.8 markdown_0.6 knitr_1.2 rCharts_0.3.51 slidify_0.3.52
loaded via a namespace (and not attached):
[1] RJSONIO_1.0-3 codetools_0.2-8 digest_0.6.3 evaluate_0.4.3 formatR_0.8
[6] grid_3.0.1 lattice_0.20-15 stringr_0.6.2 tools_3.0.1 whisker_0.3-2
[11] yaml_2.1.7
我认为这是一个经常被问到的关于Pandoc和markdown制作的beamer幻灯片中人物行为的问题。 真正的问题是,R Markdown默认生成PNG图像(来自knitr
),默认情况下很难在LaTeX中获得PNG图像的大小(我不知道为什么)。 然而,使PDF图像的大小正确是相当容易的。 一种解决方案是在第一个块中将默认图形设备重置为PDF:
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(dev = 'pdf')
```
然后所有图像将被写为PDF文件,LaTeX将很高兴。
您的第二个问题是您将HTML单元与out.width
/ out.height
LaTeX单元out.width
out.height
。 LaTeX和HTML是非常不同的技术。 您不应期望\\maxwidth
在HTML中工作,或者在LaTeX中工作200px
。 特别是当你想将Markdown转换为LaTeX时,你最好不要设置out.width
/ out.height
(使用fig.width
/ fig.height
并让LaTeX使用原始大小)。
图形大小以英寸为单位指定,可作为文档输出格式的全局选项包含在内。 例如:
---
title: "My Document"
output:
html_document:
fig_width: 6
fig_height: 4
---
并且图形设备中的绘图大小可以在块级别增加:
```{r, fig.width=14, fig.height=12} #Expand the plot width to 14 inches
ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) + #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) + #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25) #increases the size of the font
```
您还可以使用out.width
和out.height
参数直接在输出文件中定义绘图的大小:
```{r, out.width="200px", out.height="200px"} #Expand the plot width to 200 pixels
ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) + #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) + #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25) #increases the size of the font
```
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