在 anaconda 上安裝 rdkit 和 deepchem

Question

我對如何安裝 rdkit 和 deepchem 感到困惑。 在這里，我列出了我遇到的問題，感謝您的幫助。

rdkit：經過多次試驗，我終於弄明白了rdkit只能在python2上使用。 按照他們網站上的建議，我安裝了 rdkit：

$ conda create -n rdkit -c rmg rdkit
$ source activate rdkit 

我確保 rdkit 已成功安裝，因為我從終端 window 調用時獲得了正確的版本：

>>> rdkit.__version__
'2016.03.4'

但是，當我打開 jupyet notebook 並導入 rdkit 時，出現錯誤：

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-6b72bd8913ab> in <module>()
----> 1 import rdkit

ImportError: No module named rdkit

deepchem：然后我繼續安裝 deepchem，但由於依賴於 rdkit，我無法安裝 deep chem。

Answer 1

這里有一些建議：

• 嘗試使用單行 DeepChem 安裝命令 conda install conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.3.0 。 這將自動為您在相同的環境中安裝 rdkit。
• 如果您的環境和 rdkit 有問題，我建議您使用 Google colab。 這將允許您進行實驗而無需處理本地安裝問題https://forum.deepchem.io/t/getting-deepchem-running-in-colab/81

Answer 2

問題是你並沒有真正使用 conda 環境來運行 jupyter notebook。 要驗證是否是這種情況，請在終端 window 中運行，並在 jupyter notebook 中插入以下代碼：

import sys
print(sys.path)

就我而言，我正在運行一個 python 腳本，我得到了終端 window

['', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python310.zip', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10', '/home/sputnik/ .conda/envs/compchem/lib/python3.10/lib-dynload', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/site-packages']

腳本運行./script.py

['/home/sputnik', '/usr/lib/python38.zip', '/usr/lib/python3.8', '/usr/lib/python3.8/lib-dynload', '/usr/local /lib/python3.8/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']

在我的例子中，解決方案是運行腳本顯式調用 python

python ./script.py

對於 Jupyter Notebook，您需要確保它在正確的環境中運行。 您可以使用此 package 來幫助：

pip install environment_kernels

並從以下位置獲取更多信息：

http://stuartmumford.uk/blog/jupyter-notebook-and-conda.html