Anaconda 的 rdkit 安裝問題

Question

我正在嘗試讓 rdkit 在我的 Windows 7 系統上運行 Anaconda 和 Python 2.7。 我一直在按照http://www.rdkit.org/docs/Install.html的說明進行操作

conda create -c https://conda.anaconda.org/rdkit -n my-rdkit-env rdkit
activate my-rdkit-env

然后我得到以下信息：

停用環境“C:\Anaconda2”...

激活環境“C:\Anaconda2\envs\my-rdkit-env”

但是，如果我隨后打開一個 Jupyter notebook，並嘗試

import rdkit

它失敗了

導入錯誤：沒有名為 rdkit 的模塊

任何幫助將不勝感激！

Answer 1

我有同樣的問題，但是

conda install -c conda-forge rdkit

輕松解決。

Answer 2

我解決了這個問題。 請通過 conda 安裝 ipykernel，它應該可以正常工作。

Answer 3

問題是你並沒有真正使用 conda 環境來運行 jupyter notebook。 要驗證是否是這種情況，請在終端 window 中運行，並在 jupyter notebook 中插入以下代碼：

import sys
print(sys.path)

就我而言，我正在運行一個 python 腳本，我得到了終端 window

['', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python310.zip', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10', '/home/sputnik/ .conda/envs/compchem/lib/python3.10/lib-dynload', '/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/site-packages']

腳本運行./script.py

['/home/sputnik', '/usr/lib/python38.zip', '/usr/lib/python3.8', '/usr/lib/python3.8/lib-dynload', '/usr/local /lib/python3.8/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']

在我的例子中，解決方案是運行腳本顯式調用 python

./script.py ./腳本.py

對於 Jupyter Notebook，您需要確保它在正確的環境中運行。 您可以使用此 package 來幫助：

pip install environment_kernels

並從以下位置獲取更多信息：

http://stuartmumford.uk/blog/jupyter-notebook-and-conda.html