[英]IndexError: list index out of range error, How do I fix the code?
import os
import sys
import numpy as np
from proteinss import ProteinSS
map_dssp_3_alphabet = {"H":1,"I":1,"G":1,"E":2,"B":2,"T":3,"S":3, "_":3, "?":3}
map_dssp_8_alphabet = {"H":1,"I":2,"G":3,"E":4,"B":5,"T":6,"S":7, "_":8, "?":8}
def extract_file(ss_file):
print ("Extracting :"), ss_file
fi = open(ss_file, 'rU')
seq_string = ""
ss_string = ""
alignments = []
for line in fi:
if line.startswith("RES:"):
seq_string = line.split(":")[1].rstrip('\n')
if line.startswith("DSSP:"):
ss_string = line.split(":")[1].rstrip('\n')
if line.startswith("align"):
alignment = line.split(":")[1].rstrip('\n')
alignments.append( alignment.split(",")[0:-1] )
seq_l = seq_string.split(",")[0:-1]
ss_l = ss_string.split(",")[0:-1]
prot = ProteinSS(seq_l, ss_l)
for al_ in alignments:
prot.add_alignment(al_)
return prot
def prepare_db(cb513_path, db_ofile, db_classes, wsize, alphabet):
fo1 = open(db_ofile, 'w')
fo2 = open(db_classes, 'w')
for root, dirs, files in os.walk(cb513_path):
for name in files:
if name.endswith(( ".all" )):
ss_file = root + "/" + name
prot = extract_file ( ss_file )
if prot.is_valid():
s1, s2 = prot.get_db_strings(wsize, map_dssp_3_alphabet, True)
fo1.write(s1)
fo2.write(s2)
fo1.close()
fo2.close()
if __name__ == "__main__":
cb513_path = '../data/CB513'
classes_ofile = "../data/db/ss_a3.dat"
window_width = int( sys.argv[5] )
db_ofile = "../data/db/aa_w" + str(window_width) + "_a3.dat"
if sys.argv[2] == "3":
alphabet = map_dssp_3_alphabet
elif sys.argv[2] == "8":
alphabet = map_dssp_8_alphabet
else:
print ("Alphabet not recognized: choose between 3 or 8")
sys.exit(1)
pubs_data = prepare_db(cb513_path, db_ofile, classes_ofile, window_width, alphabet)
我在遇到錯誤:
window_width = int(sys.argv [5])
IndexError:列表索引超出范圍
當我嘗試使用spyder運行代碼時,編碼顯示錯誤列表超出范圍錯誤,我應該更改指定的尺寸還是使用任何其他功能?
這是我用於蛋白質二級結構預測的代碼之一,尤其是用於創建數據庫的代碼。
IndexError
是Python中最基本和常見的異常之一,因為每次嘗試訪問列表邊界之外的索引時都會引發該異常,這是因為我正在嘗試訪問列表邊界之外的東西。
如何解決以上問題?
sys.argv在Python中定義為列表,其中包含要執行任何程序時傳遞給腳本的命令行參數。
您可以在執行列表時檢查傳遞的參數,只需在程序開始時打印sys.argv的長度即可。
在程序開始時包括以下行:
print(len(sys.argv))
從命令行開始,如果我正在命令行以下程序中執行
python demo.py
那么sys.argv的長度將為1,而sys.argv [0]的值將為demo.py。
檢查后,可以根據需要修改sys.argv索引值。 希望這能解決您的問題。
PS在您的程序中此行寫錯了:
print ("Extracting :"), ss_file
更正為
print ("Extracting :"+ ss_file)
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