從列中提取數據以在R中創建另一個列

Question

我有一個包含3個變量的數據框，我想將其分為4個變量。 數據框如下所示：

Species_Name    SIXTEENS_Title                           SIXTEENS_Sequence
Daphnia magna   LC382445.1 Daphnia magna mitochondrial   TTCGGAGAAAAGGGGTAC...
Daphnia magna   KY694374.1 Daphnia magna mitochondrial   TTCGGAGAAAAGGGGTAC...

從這個數據框的SIXTEENS_Title ，我想提取Daphnia之前的所有內容（字母數字LC382445.1，KY694374.1；但是有100多個觀察值不同）。

我試過使用str_extract()和str_detect()但似乎無法做到這一點。 我想使用登錄號(LC382445.1)在R中創建另一列。

Answer 1

您可以使用sub和正則表達式執行此操作。

df = read.table(text="Species_Name    SIXTEENS_Title         SIXTEENS_Sequence
'Daphnia magna'   'LC382445.1 Daphnia magna mitochondrial'   'TTCGGAGAAAAGGGGTAC...'
'Daphnia magna'   'KY694374.1 Daphnia magna mitochondrial'   'TTCGGAGAAAAGGGGTAC...'",
header=T, stringsAsFactors=F)

sub("\\s*Daphnia.*", "", df$SIXTEENS_Title)
[1] "LC382445.1" "KY694374.1"