R向量內存耗盡

Question

我目前在我的 Macbook Pro 上使用 RStudio。

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4

使用集群包中的 agnes() 函數時，我收到錯誤消息：

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

為了解決這個問題，我遵循了以下問題的答案中提到的步驟： MacOS 上的 R 錯誤：向量內存耗盡（達到限制？）

現在運行相同的函數，我收到 R session aborted 消息。 R 遇到致命錯誤。 會話被終止。

還有其他解決方案嗎？

Answer 1

AGNES 至少需要距離矩陣的兩個副本。

現在，如果您有 100.000 個實例，雙精度（8 字節），這意味着我們談論的內存使用量約為 160000000000 字節。 那是 160GB。 不包括輸入數據或任何開銷。 如果幸運的話，AGNES 的 R 版本只存儲上三角矩陣，這會將其減少 2。但是 OTOH 如果這樣做，它可能會在大約 64k 個對象處產生整數溢出。

因此，您可能需要選擇與 AGNES 不同的算法，或者首先減少您的數據。