ggplot2: geom_bar(); 如何交替填充順序，使條形不會在具有較高值的​​條形內丟失？

Question

我試圖將兩個條形放置在 x 軸上的相同位置並按顏色分開（幾乎就像堆疊一樣）。

但是，我不希望將條形堆疊在另一個條形內 - 最小的 Y 值在具有最高 Y 值的條形內可見。

我可以在某種程度上讓它發揮作用 - 但問題是一個 Y 值在兩個因素之一中並不總是更高。 這會導致條形在 Y 值較高的條形中“丟失”。

這是我的數據集的一個子集和當前的 ggplot 代碼：

    condition hours expression freq_genes
 1      tofde     9         up         27
 2      tofde    12         up         92
 3      tofde    15         up        628
 17     tofde     9       down          0
 18     tofde    12       down          1
 19     tofde    15       down          0
 33      tofp     9         up       2462
 34      tofp    12         up        786
 35      tofp    15         up        298
 49      tofp     9       down        651
 50      tofp    12       down        982
 51      tofp    15       down       1034
 65       tos     0         up         27
 66       tos     3         up        123
 67       tos     6         up        752
 81       tos     0       down          1
 82       tos     3       down         98
 83       tos     6       down        594 


sf_plot <- ggplot(data = gene_freq, 
              aes(x = hours, 
                  y = freq_genes, 
                  group = condition,
                  fill = factor(expression,
                                labels=c("Down", 
                                         "Up"))))

sf_plot <- sf_plot + labs(fill="Expression")

sf_plot <- sf_plot + geom_bar(stat = "identity", 
                          width = 2.5, 
                          position = "dodge")

sf_plot <- sf_plot + scale_fill_manual(values=c("#9ecae1", 
                                            "#3182bd"))

sf_plot <- sf_plot + xlab("Time (Hours)")

sf_plot <- sf_plot + scale_x_continuous(breaks = 
seq(min(gene_freq$freq_genes), 
max(gene_freq$freq_genes),
by = 3))                                                         

sf_plot <- sf_plot + ylab("Gene Frequency")

sf_plot <- sf_plot + facet_grid(. ~ condition, scales = "free")

sf_plot <- sf_plot + theme_bw()

sf_plot <- sf_plot + theme(panel.grid.major = element_blank(), 
                       panel.grid.minor = element_blank())

sf_plot <- sf_plot + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))


# Print plot
sf_plot

Answer 1

您可以將alpha = 0.5添加到geom_bar()語句以使條形透明。 這將允許看到兩個條。 添加該alpha語句和其他任何內容都不會產生您正在尋找的內容，以使兩個重疊的條都可見。 然而，顏色使得看到兩個不同的酒吧具有挑戰性。

另一個（也許更好）的選擇是更改創建繪圖的順序。 如果我沒ggplot話， ggplot將按字母或數字或因子級別的順序繪制條形圖。 在這里，您的expression值為c("Down", "Up")並且首先繪制了"Down" 。 如果您強制先繪制"Up" ，您也可以解決此問題。

library(dplyr)
library(ggplot2)

dat <- 
  read.table(text = "condition hours expression freq_genes
1      tofde     9         up         27
2      tofde    12         up         92
3      tofde    15         up        628
17     tofde     9       down          0
18     tofde    12       down          1
19     tofde    15       down          0
33      tofp     9         up       2462
34      tofp    12         up        786
35      tofp    15         up        298
49      tofp     9       down        651
50      tofp    12       down        982
51      tofp    15       down       1034
65       tos     0         up         27
66       tos     3         up        123
67       tos     6         up        752
81       tos     0       down          1
82       tos     3       down         98
83       tos     6       down        594") %>%
  mutate(expression2 = ifelse(expression == "up", 1, 2))

dat %>%
ggplot(aes(x = hours, y = freq_genes, group = condition, 
           fill = factor(expression2, labels=c("Up", "Down")))) +
  labs(fill="Expression") + 
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge", width = 2.5, alpha = 0.5) + 
  scale_fill_manual(values=c("#9ecae1", "#3182bd")) + 
  xlab("Time (Hours)") + 
  scale_x_continuous(breaks = seq(min(dat$freq_genes), 
                                  max(dat$freq_genes),
                                  by = 3)) + 
  ylab("Gene Frequency") + 
  facet_grid(. ~ condition, scales = "free") + 
  theme_bw() + 
  theme(panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), 
        legend.position = "bottom", 
        axis.text.x = element_text(angle = 90))

在這里，我創建了一個新列名為expression2是只是一個數字版本expression 。 我更改了aes()的fill變量以匹配那些新標簽。 我在scale_fill_manual()中保留了與原始語句中相同的顏色並保留了alpha值。 “向下”被繪制在“向上”的頂部，但為了與alpha值保持相同的顏色，兩個條形更容易看到。 如果有必要，您可以使用圖例在“向上”之前顯示“向下”。

請注意，提供機器可讀數據對於讓其他人幫助您大有幫助。 考慮使用dput()下次輸出您的數據而不是粘貼它。另請注意，您可以使用+將ggplot()語句“鏈接”在一起。 這使得代碼更加緊湊和易於閱讀。