為linux安裝biomaRt軟件包（R版本3.5.2）（適用於Windows的Ubuntu）

Question

我正在嘗試安裝Biomart軟件包，我使用了這段代碼：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我收到這條警告信息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人幫忙嗎？ 謝謝。

Answer 1

這里的問題是R需要編譯其他R包： curl ， openssl ， XML ， RCurl 。 為此，需要在Linux平台上安裝一些開發庫 。

你經常可以猜到它們可能被稱為：如果R包“XXX”是個問題，你需要apt-cache search像libXXX-dev這樣的東西。 這個名字通常也包括一個數字。 因此，您可以嘗試從命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索libcurl開發包。

然后你可以安裝它們，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我認為你需要這樣的東西：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次嘗試R軟件包安裝。 記下任何錯誤消息，根據需要安裝更多庫，重復直到它工作。

使用適當的術語進行Web搜索應該找到有關安裝所需的系統依賴性的更多信息。