標簽[biomart] - 堆棧內存溢出

[英]How to install biomaRt from bioconductor

我需要 biomaRT，但它沒有安裝。我該如何解決？ BiocManager::install("biomaRt") 'getOption("repos")' 替換 Bioconductor 標准存儲庫，有關詳細信息，請參閱 '?repositories' 替換存儲庫：CRAN： https ...

無法將狗合奏 ID 轉換為基因名稱

[英]Can't convert dog ensembl IDs into gene names

我通常使用 biomaRt 將基因 ID 轉換為符號。但是，這一次我（對於狗）擁有的集成 ID 與 biomart 數據集“clfamiliaris_gene_ensembl”的集成 ID 不匹配。我還嘗試使用 ensembl web 門戶，那里的狗數據集稱為 ROS_Cfam_1.0。看起來 ...

R package biomaRt 和此依賴關系 RSQLite 出錯

[英]Error with R package biomaRt and This dependency RSQLite

我在使用 bioconductor 安裝 biomaRt 時遇到問題。 I have already install this package without error in Rstudio with R 3.6 but with R 4.0 in conda specific environm ...

R biomart package：獲取鏈接數據庫中的所有值

[英]R biomaRt package: obtaining all values in linked databases

一個生物信息學編程問題。在 R 中，我有一個經典的物種 A 到物種 B 基因符號轉換，在這個例子中是從小鼠到人類，我使用 biomaRt 執行，特別是 getLDS function。但是，我想獲取鏈接數據庫中存在的所有 id：換句話說，所有鼠標/人類對（在此示例中）。告訴getLDS fun ...

在 R 中循環使用 biomart

[英]Looping with biomart in R

我有一個基於許多文件創建的數據集列表。我正在嘗試自動執行此操作：這是正確使用所有數據集，但沒有正確輸出！我需要“合並”的最終輸出對於我的“my.list3”列表中的每個數據集都是唯一的，並且與原始數據集同名有任何想法嗎？ ...

在 Ubuntu 20.04 上安裝 biomaRt R 包時出現 CURL_OPENSSL_3 問題

[英]CURL_OPENSSL_3 problem while installing biomaRt R package on Ubuntu 20.04

問題我正在嘗試安裝biomaRt R 包，但我遇到了問題。我還注意到同樣的問題也出現在其他一些包中，比如twitteR 。似乎是與curl相關的問題。當我運行以下安裝命令時：我收到以下錯誤消息：題你有沒有經歷過類似的事情？如果是這樣，你是如何解決的？嘗試解決嘗試按 ...

循環 function i r 代碼用於大數據文件

[英]loop function i r code for large data file

我有同樣的問題查詢區域內的基因，但數據很大並且產生了某些問題。我的數據就像 . . . d<-read.table("1.txt") 我的問題是我們可以在這段代碼中循環並打印基因名稱嗎？對於一定的運行間隔。 ...

將鼠標 Ensembl ID 轉換為數據框中的基因名稱

[英]Converting mouse Ensembl ID's to gene names in a data frame

我最近使用 30 個不同的 RNA-seq 樣本制作了一個無監督的分層集群熱 map。 x 軸標記為每個樣本的名稱，y 軸顯示以小鼠 Ensembl ID 表示的 100 個最可變基因（例如 ENSMUSG00000020573）。我只是想知道在將 Ensembl ID 輸入到 pheatmap ...

嘗試將 Ensembl ID 轉換為 R (biomaRt) 中的基因名稱

[英]Trying to convert Ensembl ID to gene name in R (biomaRt)

我有一個基因表達數據的大型數據集，我正在嘗試使用 RStudio 中的 biomaRt 將基因標識符轉換為基因名稱，但是由於某種原因，當我在我的數據幀上使用合並 function 時，我的整個數據表合並錯誤/抹去。我在這里查看了以前的問題，但無論我嘗試什么，我的代碼似乎都無法正常工作。無限感謝！ ...

在數據框中將 ENSEMBL ID 轉換為基因 ID

[英]Converting ENSEMBL IDs to Gene ID in a Data Frame

我有一個由 ensembl_gene_id 列出的 RNA-seq 數據的大型數據表，但我想轉換為 hgnc_symbol，以便於熱圖上的可視化。到目前為止，我有以下代碼 - 但不知道如何繼續。從一開始就轉換名稱會更好，還是僅在子集數據上轉換？ I am also more familiar ...

bioconductor 和 R，在嘗試檢索基因序列時使用 getBM() function 時出錯

[英]bioconductor and R, error in the use of getBM() function when trying to retrieving the sequence of genes

我正在嘗試使用 bioconductor 的 getBM() function 來檢索某些基因的序列。這是我的腳本：這個腳本給了我以下錯誤：我無法理解。誰能幫我解決這個問題？謝謝！ ...

Excel：Ensembl 繼續，更改 R 后如何保存到 CSV 文件

[英]Excel: Ensembl continue, how to save to CSV file after change R

與無法使用 biomaRt 包從 Entrez ID 獲取基因符號相關代碼工作得很好，但我想將它保存到我當前的CSV 文件中，而不僅僅是“查看”它（添加一個額外的列也可以完成這項工作，我得到了超過 65k 個 id） ...

查詢 biomart 時出現內部服務器錯誤？

[英]Internal Server Errors when querying biomart?

使用 biomaRt 包執行 R 命令時，我經常收到錯誤“內部服務器錯誤 (HTTP 500)”。使用基本命令，例如但是，這些命令有時會起作用。我不確定這是否是 Biomart 服務器端的問題，或者是否有什么可能導致我端出現問題，例如舊包（我嘗試重新安裝 Biomart）。有沒有人處理過 ...

使用 biomaRt 將 Ensembl ID 轉換為基因名稱

[英]convert Ensembl ID to gene name using biomaRt

我有一個名為kidney_ensembl的數據集，我需要將 Ensembl ID 轉換為基因名稱。我正在嘗試下面的代碼，但它不起作用。有人可以幫助我嗎？我知道有類似的問題，但他們沒有幫助我。非常感謝！從 Ensembl 基因 ID 轉換為不同的標識符如何將 Ensembl ID 轉換為 ...

擬南芥基因ID轉換（BioMart，CLC Genomics Workbench輸出）

[英]Arabidopsis Gene ID Conversion (BioMart, CLC Genomics Workbench Output)

對於擬南芥（Arabidopsis thaliana），我有來自CLC基因組學工作台的RNA-seq讀數的輸出。基因列表包含基因名稱（即“TRY”，“TMM”，“SVP”，“FLC”）和ID（例如“AT1G01390”，“AT1G01310”，“AT1G01240”）的混合物。我想將它們 ...

從ensembl_gene_id獲取hgnc_symbol / gene_name

[英]Get hgnc_symbol/gene_name from ensembl_gene_id

我有以下代碼（來自此處）：但是當我檢查G_list時：它是空的。我了解原因：這里是我的ensembl_gene_id 基因的一些示例：如果我將此ID賦予getBM（），則它不返回任何內容。但是，如果我刪除像這樣的點和點之后的數字：我得 ...

為linux安裝biomaRt軟件包（R版本3.5.2）（適用於Windows的Ubuntu）

[英]Install biomaRt package (R version 3.5.2) for linux (Ubuntu for Windows)

我正在嘗試安裝Biomart軟件包，我使用了這段代碼：我收到這條警告信息：有人幫忙嗎？謝謝。 ...

R-使用biomaRt / getBM可以生成55,000+個基因的列表，而不是我在“值”下輸入的數據框約15,000個

[英]R - Using biomaRt/getBM generates a list of 55,000+ genes instead of the ~15,000 I'm inputting as a data frame under “values”

我已經從NIH GEO下載了一個廣泛的數據集，並試圖將第一列中的Ensembl名稱轉換為MGI符號我命名為SOD的表如下所示 SOD數據-總行數= 15,396 我使用以下代碼：這將輸出具有超過55,000行的合奏和MGI符號列表。我嘗試將filter = ...

使用biomaRt從基因列表中獲取Entrez基因ID

[英]Entrez gene IDs from gene list using biomaRt

我正在嘗試將基因名稱列表轉換為entrez基因ID。現在我有這個：這將創建一個帶有entrez基因ID和名稱的表。但是，如何根據基因列表過濾出ID？這是基因名稱列表的一個示例：基因名稱它只是一個excel文件，總共有數百個基因名稱。希望有人可以幫助 ...

從 Ensembl 基因 ID 轉換為不同的標識符

[英]converting from Ensembl gene ID's to different identifier

我從 Canis Lupus（狗）那里繼承了一個 RNAseq 輸出數據的數據集。我有 Ensembl 格式的基因標識符，特別是它們看起來像這樣，ENSCAFT00000001452.3。我正在嘗試使用 bioMaRt 將它們轉換為更常見的 ID 並需要幫助。我對 R 很陌生，認為自己很無知。 ...