R中的加權二分圖聚類

Question

我有一個加權二分圖，例如：

A   V   5
A   W   4
A   X   1
B   V   5
B   W   6
C   V   7
C   W   4
D   W   2
D   X   5
D   Z   7
E   X   4
E   Y   5
E   Z   8

structure(list(g1 = c("A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D", 
"D", "D", "E", "E", "E"), g2 = c("V", "W", "X", "V", "W", "V", 
"W", "W", "X", "Z", "X", "Y", "Z"), w = c(5L, 4L, 1L, 5L, 6L, 
7L, 4L, 2L, 5L, 7L, 4L, 5L, 8L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-13L))

是否有聚類方法來檢測組 1 和組 2 之間高度連接的節點。例如，在上面的示例中，似乎存在兩個聚類：

A,B,C - V,W
D,E - X,Y,Z

我從二分包中找到了這個函數： https : //www.rdocumentation.org/packages/bipartite/versions/2.11/topics/computeModules 。 但是，我希望每個集群都有某種 p 值或分數，告訴我它的“穩健性”。 任何的想法 ？

m <- as_adjacency_matrix(graph_from_data_frame(g),attr = "w") %>% 
       as.matrix() %>% 
       computeModules()    
listModuleInformation(m)
[[1]]
[[1]][[1]]
[[1]][[1]][[1]]
[1] "A" "B" "C" "D" "E"

[[1]][[1]][[2]]
[1] "V" "W" "X" "Z" "Y"



[[2]]
[[2]][[1]]
[[2]][[1]][[1]]
[1] "A" "B" "C"

[[2]][[1]][[2]]
[1] "V" "W"


[[2]][[2]]
[[2]][[2]][[1]]
[1] "D" "E"

[[2]][[2]][[2]]
[1] "X" "Z" "Y"

謝謝，

Answer 1

您是否考慮過使用 Watts/Strogatz 的聚類系數（也稱為“傳遞性”）？ 它測量節點的鄰居相互連接的趨勢。 您可以計算網絡中所有節點的聚類系數，然后在每個集群中的節點之間求平均值。 結果將指示集群與cliqe（即完全連接的子圖）的接近程度。

傳遞性在 igraph 包中實現。

另請參閱wiki頁面以了解加權網絡的概括。