使用帶有外部C ++庫的Rcpp構建R包時的未定義參考

Question

我正在嘗試創建一個R包供我自己使用，即使用Rcpp，其C ++代碼包括Levmar庫。 我在Windows上工作。

例如，當我使用CMake構建C ++代碼並使用Visual Studio運行它時，C ++代碼就可以正常工作。 但是，當我將此代碼放入R包並嘗試構建它時，出現以下錯誤：

levmar_example_r.o：levmar_example_r.cpp :(。text + 0x281）：對'dlevmar_der'的未定義引用

（dlevmar_der在levmar.h中聲明，該文件包含在我的R包中，請參見下文）

我已經閱讀了很多關於如何構建A R封裝，如外部庫，以便帖子這個還是這個 ，但它並沒有幫助我解決我的問題。

我的包裹的結構：

bin/
  |- levmar.lib
inst/
  |- include/
      |- levmar.h
man/
R/
src/
  |- Makevars
  |- Makevars.win
  |- levmar_example_r.cpp
  |- RcppExports.cpp
src-i386/
DESCRIPTION
NAMESPACE

Makevars / Makevars.win的內容

PKG_LIBS = -L../bin -llevmar
PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include 

C ++代碼（levmar_example_r.cpp）

#include <iostream>
#include <levmar.h>
#include <math.h>
#include <Rcpp.h>

void fun(double *p, double *x, int m, int n, void *data_){
  double a = p[0];
  double b = p[1];

  double *data = (double *) data_;

  for(int i = 0; i < n; i++){
      x[i] = log(a*data[i]+b);
  }
}

void jacFun(double *p, double *jac, int m, int n, void *data_){
  double a = p[0]; 
  double b = p[1];

  double *data = (double *) data_;

  int k, l;
  for(l=k=0; l < n; l++){
    jac[k++] = data[l]/(a*data[l]+b);
    jac[k++] = 1/(a*data[l]+b);
  }

}

// [[Rcpp::export]]
void test_levmar(){
  int m = 2; // # of parameters
  int n = 40; // # of observations

  double a = 1.0;
  double b = 2.0;

  double data[] = {0.119047619047619, 0.238095238095238,    0.357142857142857, 0.476190476190476,   0.595238095238095, 0.714285714285714, 1.07142857142857, 1.42857142857143,
    0.119047619047619   ,0.238095238095238, 0.357142857142857, 0.476190476190476, 0.595238095238095, 0.714285714285714  ,1.07142857142857, 1.42857142857143 ,
    0.119047619047619,  0.238095238095238,  0.357142857142857,  0.476190476190476,  0.595238095238095,  0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143,
    0.119047619047619,  0.238095238095238,  0.357142857142857,  0.476190476190476   ,0.595238095238095, 0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143,
    0.119047619047619,  0.238095238095238   ,0.357142857142857, 0.476190476190476,  0.595238095238095,  0.714285714285714,  1.07142857142857,   1.42857142857143};

  double popti[2];
  popti[0] = a; popti[1] = b;

  double x[40];
  fun(popti, x, m, n, (void *) data);

  // algorithm parameters
  double opts[LM_OPTS_SZ], info[LM_INFO_SZ];
  opts[0]=LM_INIT_MU;
  // stopping thresholds for
  opts[1]=1E-10;       // ||J^T e||_inf
  opts[2]=1E-10;       // ||Dp||_2
  opts[3]=1E-10;       // ||e||_2
  opts[4]= LM_DIFF_DELTA; // finite difference if used

  double p[2];
  p[0] = 3.0; p[1] = 1.0;

  dlevmar_der(fun,jacFun,p,x,m,n,100,opts,info,NULL,NULL,(void *) data);

  std::cout << "Optimum found:" << std::scientific << std::setprecision(8)<< "\t"<< p[0]<< "\t" << p[1]<< std::endl;
 }

我還嘗試將levmar庫的所有標頭放在inst / include文件夾中，並將所有.c文件放在src / levmar文件夾中，然后刪除

PKG_LIBS = -L../bin -llevmar

在Makevars / Makevars.win中添加

-I src/levmar

到PKG_CPPFLAGS，但也沒有解決。

您對我應該做什么有任何想法嗎？

如果我不夠清楚，請隨時詢問精度

Answer 1

SODD讓我更好。 我已經構建了一個非常粗糙的軟件包，可以編譯levmar代碼，並從中創建一個初始的R軟件包： https : //github.com/rstub/levmaR 。 要點：

• src子目錄中的源文件不會自動編譯。 一個人必須以某種方式添加它們，例如

   CXX_STD = CXX11 PKG_LIBS=-L. -llevmar $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) PKG_CPPFLAGS=-I./levmar/ -DSTRICT_R_HEADERS all: $(SHLIB) $(SHLIB): liblevmar.a LIBOBJS = levmar/lm.o levmar/Axb.o levmar/misc.o levmar/lmlec.o levmar/lmbc.o \\ levmar/lmblec.o levmar/lmbleic.o liblevmar.a: $(LIBOBJS) $(AR) rcs liblevmar.a $(LIBOBJS) 

• 默認情況下，levmar嘗試構建單精度和雙精度函數，並嘗試使用LAPACK。 R的默認版本僅包括雙精度LAPACK和BLAS。 我禁用了單精度構建。

• levmar庫實際上是純C語言。因此，我懷疑您的問題是由VC和gcc之間的不同C ++ ABI引起的。 VC和gcc之間最有可能在靜態庫的布局方面存在其他不兼容性。

現在唯一可用的函數是test_levmar() 。 在Linux和Windows（通過Appveyor和rhub）上進行了測試。