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[英]R get highest x cells and their rownames/colnames in a symmetric matrix?
[英]Matching rownames that are equal to colnames (of a symmetric or asymmetric matrix)
我正在對R中的距離矩陣進行統計分析,並希望比較個體之間和群體之間的距離。 我有一個矩陣,其中一些colnames等於一些rownames。 我想提取滿足此條件的值(問題是使其在非對稱矩陣上工作)。 如果代碼可以保存具有符合條件的邏輯值的矩陣,那將是很棒的)
下面顯示了一個較小矩陣的示例:
1 2 3 4
1 0.4966143 0.8359290 0.7319204 0.7579902
3 0.7002979 0.8621343 0.5152356 0.7875813
4 0.7406555 0.8371479 0.7103873 0.5530200
我希望它最終像這樣
1 2 3 4
1 TRUE FALSE FALSE FALSE
3 FALSE FALSE TRUE FALSE
4 FALSE FALSE FALSE TRUE
如果我能做到沒有任何循環,只需矢量化代碼,我會很高興
我們可以使用outer
out <- outer(row.names(m1), colnames(m1), `==`)
dimnames(out) <- dimnames(m1)
out
# 1 2 3 4
#1 TRUE FALSE FALSE FALSE
#3 FALSE FALSE TRUE FALSE
#4 FALSE FALSE FALSE TRUE
或rep
licate的rownames和列名,使length
享有平等,然后做一個==
`dim<-`(row.names(m1)[row(m1)] == colnames(m1)[col(m1)], dim(m1))
注意:正如@NelsonGon建議的那樣,當我們將數據( read.table/read.csv
等)作為data.frame
,列名稱可以附加前綴X
因為這些是非規范名稱,即以數字開頭。 要避免這種情況,請在read.table/read.csv
或post過程中使用check.names = FALSE
參數,方法是更改列名
outer(row.names(df), sub("^X","",names(df)),"==")
假設'df'是data.frame標識符對象
m1 <- structure(list(`1` = c(0.4966143, 0.7002979, 0.7406555),
`2` = c(0.835929, 0.8621343, 0.8371479),
`3` = c(0.7319204, 0.5152356, 0.7103873),
`4` = c(0.7579902, 0.7875813, 0.55302)),
class = "data.frame",
row.names = c("1", "3", "4"))
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