在與Jupyter Notebook不同的環境中運行python腳本

Question

我有一個在切片器內核上運行的Jupyter Notebook主文件。 它打開切片器並使用戶保存標簽。 我知道如何在Python 3內核上的PyTorch中運行深度學習模型。 為此，我首先需要將標簽轉換為所需的tiff格式。

我設法在Spyder中做到了。

import numpy as np
from imageio import imwrite
import os

## define where the masks are saved as a .npy
labelpath="../temp/label.npy" # changed for privacy
## define path where the new masks should be saved as .tiff files
labelpathsave="../temp/" # changed for privacy

## open the object
label=np.load(labelpath)

number_files=np.shape(label)[0]

for i in range(0, number_files):
   string="label"+str(i+1)+".tiff"
   labelpath=os.path.join(labelpathsave, string)
   currentlabel=label[i]
   imwrite(labelpath, currentlabel)

上面的方法有效，但是嘗試在Jupyter Notebook中執行此python文件。

execfile('../scripts/Maja/transform_label.py') # changed for privacy

我收到“導入錯誤：沒有名為imageio的模塊”。

如果它在不同的環境中運行，我如何使其執行“ transform_label.py”？

（我需要在單獨的文件中執行此操作，因為無法使PyTorch軟件包在Slicer內核上工作）

Answer 1

安裝imageio

對於python 2

pip install imageio --user

對於python 3

pip3 install imageio --user

對於Conda環境

conda install -c conda-forge imageio

注意 ：必須首先檢查Notebook上正在運行哪個版本的python。

安裝后 （ 安裝包括導入所需的所有必需的庫 。）重新運行以上代碼！

Answer 2

我認為該腳本無法正常工作，因為找不到imageio模塊。 您是否嘗試過將imageio保存在一個目錄中，而您知道Jupyter筆記本可以加載其他模塊嗎？ 也許僅僅是目錄的問題，jupyter筆記本在其中尋找模塊。

或者也可能是對於spyder（如果您通過anaconda發行版使用它）已預裝了此imageio軟件包。 因此，您也可以嘗試在jupyter中檢查是否已安裝軟件包。