在与Jupyter Notebook不同的环境中运行python脚本

Question

我有一个在切片器内核上运行的Jupyter Notebook主文件。 它打开切片器并使用户保存标签。 我知道如何在Python 3内核上的PyTorch中运行深度学习模型。 为此，我首先需要将标签转换为所需的tiff格式。

我设法在Spyder中做到了。

import numpy as np
from imageio import imwrite
import os

## define where the masks are saved as a .npy
labelpath="../temp/label.npy" # changed for privacy
## define path where the new masks should be saved as .tiff files
labelpathsave="../temp/" # changed for privacy

## open the object
label=np.load(labelpath)

number_files=np.shape(label)[0]

for i in range(0, number_files):
   string="label"+str(i+1)+".tiff"
   labelpath=os.path.join(labelpathsave, string)
   currentlabel=label[i]
   imwrite(labelpath, currentlabel)

上面的方法有效，但是尝试在Jupyter Notebook中执行此python文件。

execfile('../scripts/Maja/transform_label.py') # changed for privacy

我收到“导入错误：没有名为imageio的模块”。

如果它在不同的环境中运行，我如何使其执行“ transform_label.py”？

（我需要在单独的文件中执行此操作，因为无法使PyTorch软件包在Slicer内核上工作）

Answer 1

安装imageio

对于python 2

pip install imageio --user

对于python 3

pip3 install imageio --user

对于Conda环境

conda install -c conda-forge imageio

注意 ：必须首先检查Notebook上正在运行哪个版本的python。

安装后 （ 安装包括导入所需的所有必需的库 。）重新运行以上代码！

Answer 2

我认为该脚本无法正常工作，因为找不到imageio模块。 您是否尝试过将imageio保存在一个目录中，而您知道Jupyter笔记本可以加载其他模块吗？ 也许仅仅是目录的问题，jupyter笔记本在其中寻找模块。

或者也可能是对于spyder（如果您通过anaconda发行版使用它）已预装了此imageio软件包。 因此，您也可以尝试在jupyter中检查是否已安装软件包。