用數據框中的另一列標記x軸

Question

我有一個從運行的GWAS的輸出派生的數據框。 每行都是基因組中的SNP，具有染色體，位置和P.value。 從這個數據框中，我想生成一個曼哈頓圖，其中x軸從Chr 1上的第一個SNP到Chr 5上的最后一個SNP，而y軸是-log10（P.value）。 為此，我生成了一個Index列以沿x軸以正確順序繪制SNP，但是，我希望x軸由染色體列而不是Index標記。 不幸的是，我不能使用染色體來繪制我的x軸，因為任何給定染色體上的所有SNP都將被繪制在一個點列中。

這是一個可以使用的示例數據框：

library(tidyverse)

df <- tibble(Index = seq(1, 500, by = 1),
             Chromosome = rep(seq(1, 5, by = 1), each = 100),
             Position = rep(seq(1, 500, by = 5), 5),
             P.value = sample(seq(1e-5, 1e-2, by = 1e-5), 500, replace = TRUE))

到目前為止，我的情節是：

df %>%
    ggplot(aes(x = Index, y = -log10(P.value), color = as.factor(Chromosome))) +
    geom_point()

我嘗試過使用scale_x_discrete選項，但是還沒有找到解決方案。

這是我在網上找到的曼哈頓情節的示例。 看看如何根據染色體標記x軸？ 那是我想要的輸出。

Answer 1

geom_jitter是您的朋友：

df %>%
    ggplot(aes(x = Chromosome, y = -log10(P.value), color = as.factor(Chromosome))) +
    geom_jitter()

編輯給定OP的評論：

使用基數R圖，您可以執行以下操作：

cols = sample(colors(), length(unique(df$Chromosome)))[df$Chromosome]

plot(df$Index, -log10(df$P.value), col=cols, xaxt="n")
axis(1, at=c(50, 150, 250, 350, 450), labels=c(1:5))

您需要確切指定每個染色體標簽在axis功能中的位置。 感謝這篇文章 。

編輯＃2：

我使用ggplot2找到了答案。 您可以使用annotate功能按坐標繪制點，並使用scale_x_discrete函數（如您建議的那樣）根據染色體將標簽放置在x軸上。 我們還需要定義pos向量以獲取圖的標簽位置。 我以每個組的“ Index列的平均值為例，但是您可以根據需要手動定義它。

pos <- df %>% 
    group_by(Chromosome) %>% 
    summarize(avg = round(mean(Index))) %>% 
    pull(avg)

ggplot(df) +
    annotate("point", x=df$Index, y=-log10(df$P.value),
          color=as.factor(df$Chromosome)) +
    scale_x_discrete(limits = pos, 
          labels = unique(df$Chromosome))