是否有R函數返回比對的DNA序列的比對分數？

Question

我想取兩個字符串（DNA序列）並生成比對得分。 我找到了DECIPHER軟件包，但這只讓我生成了比對，而不是比對得分。 我也嘗試使用“ Biostrings”，但無法生成分數。

謝謝你的幫助！

string1 <- "ACAGT"
string2 <- "CCAGTA"

我正在尋找這樣的東西

t <- FunctionThatWouldReturnAlignmentScore(string1, string2)
print(t) # this returns 2

Answer 1

在《 生物弦》中，我做了

> aln = pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede")
> aln
Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 2)
pattern: succ--eed
subject: supersede
score: -33.99738
> score(aln)
[1] -33.99738 -25.11710

通過按照上面頁面鏈接的關於成對序列比對的小插圖進行操作。

我也發現

> dist = stringDist(DNAStringSet(c(string1, string2)))
> methods(class=class(dist))
[1] as.matrix   coerce      format      initialize  labels      print
[7] show        slotsFromS3
see '?methods' for accessing help and source code
> as.matrix(dist)
  1 2
1 0 2
2 2 0