是否有R函数返回比对的DNA序列的比对分数？

Question

我想取两个字符串（DNA序列）并生成比对得分。 我找到了DECIPHER软件包，但这只让我生成了比对，而不是比对得分。 我也尝试使用“ Biostrings”，但无法生成分数。

谢谢你的帮助！

string1 <- "ACAGT"
string2 <- "CCAGTA"

我正在寻找这样的东西

t <- FunctionThatWouldReturnAlignmentScore(string1, string2)
print(t) # this returns 2

Answer 1

在《 生物弦》中，我做了

> aln = pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede")
> aln
Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 2)
pattern: succ--eed
subject: supersede
score: -33.99738
> score(aln)
[1] -33.99738 -25.11710

通过按照上面页面链接的关于成对序列比对的小插图进行操作。

我也发现

> dist = stringDist(DNAStringSet(c(string1, string2)))
> methods(class=class(dist))
[1] as.matrix   coerce      format      initialize  labels      print
[7] show        slotsFromS3
see '?methods' for accessing help and source code
> as.matrix(dist)
  1 2
1 0 2
2 2 0