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DESeq2 代碼幫助分析 R 中疾病和對照患者之間的差異基因表達

[英]DESeq2 code help for analysing differential gene expression between disease and control patients in R

我無法設計一些正確的代碼來解決在 R 中使用 DESeq2 的問題,如何查看與對照相比,哪些基因在疾病患者中的表達更高。

我的數據目前是一個大型數據框,由 600000 個基因名稱組成,這些基因名稱是行。 前三列 [1:3] 是對照患者,后三列來自胰腺癌患者 [4:6]。

DF = data.frame(id=colnames(genetable),type=rep(c("treat","ctrl"),each=3))
# run DESeq2
dds = DESeqDataSetFromMatrix(genetable,DF,~type)
ddsoutput <- DESeq(dds)
summary(results(dds),alpha=0.05)

得到低於0.05的基因個數;

res <- results(ddsoutput)
res[which(res$padj < 0.05),]

然后我需要計算疾病與對照之間的倍數變化,包括上調和下調。 我需要設置自己的倍數變化閾值,然后通過KEGG根據我的p值分析最上調或下調基因的function;

 upreg <- subset(res, log2FoldChange > 1)

 downreg <- subset(res, log2FoldChange < 1)

但是以上都不起作用,我想我可能使用 type=rep 出錯了? 我最終需要將 p 值和日志折疊更改值保存到表中。

您的代碼中有一個錯誤,我在下面更正了它,並將以前的它放在##下。 您將原始 DESeq2 object 替換為 function DESeq() 的 output

DF = data.frame(id=colnames(genetable),type=rep(c("treat","ctrl"),each=3))
# run DESeq2
dds = DESeqDataSetFromMatrix(genetable,DF,~type)
dds <- DESeq(dds)
# it was
# ddsoutput <- DESeq(dds)
summary(results(dds),alpha=0.05)

現在運行腳本的 rest 應該沒問題

暫無
暫無

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