將多個 matplotlib 圖形合並為一個

Question

我有一個函數，它采用增強的 dicom 文件並執行以下操作：

1. 使用 for 循環從 dicom 文件創建單個切片，然后將其索引到圍繞一組六個斑點的較小數組中。
2. 第二個 for 循環在六個斑點周圍繪制圓圈，一個用於背景
3. 顯示所有繪制的圓圈和當前切片位置的圖像。

當我調用該函數時，我可以創建多個顯示在不同圖形中的圖像。 那么，我怎樣才能將所有這些數字合二為一呢？ 理想情況下，我想以 3x3 網格顯示它們。

這是我當前的代碼：

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom # Used for opening DICOM files
import numpy as np # General mathematical package
from pylab import text

# Import DICOM files
filename = "U:/File location" 
ds = pydicom.dcmread(filename)

# Speck Locations
centerSpeck = (1690, 1477)
centerSpeck2 = (100, 100)
twelveOclockSpeck = (45, 84)
twoOkclockSpeck = (66, 148)
tenOclockSpeck = (136, 147)
fiveOclockSpeck = (157, 82)
sevenOclockSpeck = (102, 41)
backgroundSignalValue = (71, 63)

speckLocations = np.array([centerSpeck2, twelveOclockSpeck, twoOkclockSpeck, fiveOclockSpeck, sevenOclockSpeck, tenOclockSpeck, backgroundSignalValue])

# Function that draws a circle around a given pixel
def drawCircle(arrayToPLot, zeroIndex, oneIndex, specks, r = 10):
    x = speckLocations[:,1] # get x axis variables from the speckLocations array
    y = speckLocations[:,0] # get y axis variables from the speckLocations array
    for i in range(zeroIndex,oneIndex,1): # For loop, note that the function range is: range(start, stop, step)
        tempIm = arrayToPLot.pixel_array[i,:,:].astype(float) # Get one slice as float
        slicedArray = tempIm[centerSpeck[0]-100:centerSpeck[0]+100, centerSpeck[1]-100:centerSpeck[1]+100].astype(float)
        for x,y in (speckLocations):
            plt.imshow(slicedArray, cmap='gray')
            circle = plt.Circle((y, x),r, fc='none', ec="red")
            plt.gca().add_patch(circle)    
            text(10, 180, i, fontsize=12, color='red') # Print the current slice on the image

        plt.show() # Plot each slice with circles drawn around all the specks and the background signal value location

#Call the function  
drawCircle(ds, 33, 34, speckLocations)

Answer 1

在下文中，我們將使用plt.subplots方法生成圖形和axes網格，即有人理解為子圖的 Matplotlib 對象......

二維網格上的迭代首先為您提供一行網格，該行上的第二次迭代為您提供單個子圖。 當我們挑選出一個軸時，是時候調用您的函數（您有責任區分要繪制的數據，因為從您的問題中不清楚您想要做什么），但是有一個額外的參數，即當前軸。

fig, ax_grid = plt.subplots(3,3)
for ax_row in ax_grid:
    for ax in ax_row:
        drawCircle(ax, ds, 33, 34, speckLocations)
plt.tight_layout()
plt.show()

最后我們展示圖，調用tight_layout以獲得更好的子圖排列。

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當然，我們必須修改圓繪圖函數……首先我們將ax添加到參數列表中，接下來我們修改對plt方法的調用以使用ax對象的方法：

def drawCircle(ax, arrayToPLot, zeroIndex, oneIndex, specks, r = 10):
    ...
    ax.imshow(...)
    ...
    ax.add_patch(circle)
    ax.text(10, 180, i, fontsize=12, color='red')