如何在 R 繪圖葉綠體圖中使用非默認色標？

Question

我正在使用 plotly 在 R 中創建葉綠素圖，我遇到的唯一問題是設置不同的色階。 我想使用 viridis 包中的岩漿色階，但我似乎無法找出正確的方法。 我試過谷歌搜索和搜索，但沒有答案是有效的。 有人有什么建議嗎？

我得到的錯誤是：“unique() 僅適用於向量。” 我試過設置“discrete = TRUE”，但這不起作用。

如果您需要更多信息，請與我們聯系。

create_cw_map <- function(data, color_var) {
  if (is.null(data))
    return(NULL)

  g <- list(scope = "usa",
           projection = list(type = "albers usa"),
           showlakes = FALSE)

  cw_map <- plot_geo(data,
                     locationmode = "USA-states") %>%
            add_trace(z = ~ get(color_var),
                      locations = ~ state,
                      color = ~ get(color_var),
                      colorscale =  scale_fill_viridis(option = "magma")) %>%
            colorbar(title = color_var) %>%
            layout(geo = g)

            print(cw_map)
}

Answer 1

我無權訪問您的數據。 所以我決定使用 plotly 包中的教程數據來演示如何使用 viridis 顏色。

連續可變

如果您閱讀了plot_ly()的幫助頁面，您會看到colors被指定為 colorbrewer2.org 調色板名稱（例如“YlOrRd”或“Blues”），或以十六進制“#RRGGBB”格式插入的顏色向量，或像 colorRamp() 這樣的顏色插值函數。 您可以做的是使用 viridisLite 包中的magma()創建顏色向量。 這里我指定了colors = magma(50, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1) 。 n = 50 表示我想要顏色向量中的 50 種顏色。 您想根據自己的情況使用這個數字。

library(dplyr)
library(viridis)
library(plotly)

df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/plotly/datasets/master/2011_us_ag_exports.csv")
df$hover <- with(df, paste(state, '<br>', "Beef", beef, "Dairy", dairy, "<br>",
                       "Fruits", total.fruits, "Veggies", total.veggies,
                       "<br>", "Wheat", wheat, "Corn", corn))

# give state boundaries a white border
l <- list(color = toRGB("white"), width = 2)

# specify some map projection/options
g <- list(scope = 'usa',
          projection = list(type = 'albers usa'),
          showlakes = TRUE,
          lakecolor = toRGB('white'))

p <- plot_geo(df, locationmode = 'USA-states') %>%
       add_trace(z = ~total.exports,
                 text = ~hover,
                 locations = ~code,
                 color = ~total.exports,
                 colors = magma(50, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1)) %>%
       colorbar(title = "Millions USD") %>%
       layout(title = '2011 US Agriculture Exports by State<br>(Hover for breakdown)',
              geo = g)

分類變量

發布我的答案后，我以為您使用的是分類變量。 我仔細研究了這個例子，並認為在 plotly 中創建一個帶有這樣一個變量的葉綠體圖是很棘手的。 至少，我可以根據分類變量為多邊形分配顏色，但是顏色條以一種有趣的方式出現。 所以我刪除了它。 （如果有人可以改進這部分，請這樣做。）

使用相同的數據，我做了以下事情。 我在 dplyr 包中使用ntile()創建了一個分類變量。 我在total.exports隨機創建了 9 個級別。 然后，我使用magma()創建了九種顏色。 當我繪制下面的地圖時，我使用了colors = foo[df$export_nth] 。 這基本上是使用foo創建 50 種顏色。 export_nth用作索引號。 我希望這會幫助您思考如何解決您的情況。

mutate(df, export_nth = ntile(x = total.exports, n = 9)) -> df

# Create a magma color vector

foo <- magma(n = 9, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1)

p <- plot_geo(df, locationmode = 'USA-states') %>%
     add_trace(z = ~export_nth,
               text = ~hover,
               locations = ~code,
               colors = foo[df$export_nth],
               color = ~export_nth,
               showscale = FALSE) %>%
     layout(title = '2011 US Agriculture Exports by State<br>(Hover for breakdown)',
            geo = g)