bash 腳本 - 遍歷文件並添加到不同的變量

Question

我有名稱如下的文件：

0195_R1.fastq
0195_R2.fastq
0196_R1.fastq
0196_R2.fastq
0197_R1.fastq
0197_R2.fastq

等等。

我需要為每對文件運行一個軟件（R1 和 R2 彼此對應），例如：

bowtie2 -x index_files -1 0195_R1.fastq -2 0195_R2.fastq -S 0195_output.sam

對於多對，我必須多次運行。 所以我嘗試使用 for 循環來做一個 bash 腳本，但我沒有成功。 另外，我不知道如何按順序重命名輸出。

我嘗試了以下方法：

for R1 in $FQDIR/*_R1.fastq; do
for R2 in $FQDIR/*_R2.fastq; do

    bowtie2 -x index_files -1 $R1 -2 $R2 -S $N_output.sam

done
done

我該怎么辦？

Answer 1

如果您遍歷所有 R1 和 R2 文件，您將對所有可能的數據文件對運行bowtie 。 如果我理解正確，那不是您想要的-您只想處理相應的對。

為此，僅循環 R1 文件，並嘗試為每個文件找到相應的 R2 文件：

#!/bin/bash
fqdir=...
for r1 in "$fqdir"/*_R1.fastq; do
    r2=${r1%_R1.fastq}_R2.fastq
    if [[ -f $r2 ]] ; then
        bowtie2 -x index_files -1 "$r1" -2 "$r2" -S "$N"_output.sam
    else
        echo "$r2 not found" >&2
    fi
done

我不確定$N代表什么。 也許你可以用$r1代替？