bash 脚本 - 遍历文件并添加到不同的变量

Question

我有名称如下的文件：

0195_R1.fastq
0195_R2.fastq
0196_R1.fastq
0196_R2.fastq
0197_R1.fastq
0197_R2.fastq

等等。

我需要为每对文件运行一个软件（R1 和 R2 彼此对应），例如：

bowtie2 -x index_files -1 0195_R1.fastq -2 0195_R2.fastq -S 0195_output.sam

对于多对，我必须多次运行。 所以我尝试使用 for 循环来做一个 bash 脚本，但我没有成功。 另外，我不知道如何按顺序重命名输出。

我尝试了以下方法：

for R1 in $FQDIR/*_R1.fastq; do
for R2 in $FQDIR/*_R2.fastq; do

    bowtie2 -x index_files -1 $R1 -2 $R2 -S $N_output.sam

done
done

我该怎么办？

Answer 1

如果您遍历所有 R1 和 R2 文件，您将对所有可能的数据文件对运行bowtie 。 如果我理解正确，那不是您想要的-您只想处理相应的对。

为此，仅循环 R1 文件，并尝试为每个文件找到相应的 R2 文件：

#!/bin/bash
fqdir=...
for r1 in "$fqdir"/*_R1.fastq; do
    r2=${r1%_R1.fastq}_R2.fastq
    if [[ -f $r2 ]] ; then
        bowtie2 -x index_files -1 "$r1" -2 "$r2" -S "$N"_output.sam
    else
        echo "$r2 not found" >&2
    fi
done

我不确定$N代表什么。 也许你可以用$r1代替？