'reticulate' r-package 導入 python 腳本時出錯

Question

我正在嘗試使用“reticulate”包來導入“mycode.py”。 StackOverflow 上有很多問題，但是沒有一個可以解決我的問題。

我以兩種方式做了，但我得到了完全相同的錯誤。

1) source_python("/user/mycode.py")

我收到這個錯誤：

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /user/.conda/envs/myenv/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/_sparsetools.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so)

2) import_from_path('mycode', path='/user/', convert=TRUE)

我收到這個錯誤：

Error in py_module_import(module, convert = convert) : ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /user/.conda/envs/myenv/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/_sparsetools.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so)

Answer 1

這可能是由於 Anaconda 附帶的libstdc++.so版本與系統上安裝的版本之間的兼容性。

1. 確認 ~/anaconda3/lib/ 中有 libstdc++.so.6.0.xx （xx 是最新版本的替代品，我認為 27 是最新版本）：

   ls libstdc++.so.6.0.*

2. 確認 ~/anaconda3/lib/ 中有一個符號鏈接 libstdc++.so.6：

   ls libstdc++.so.6

3. 刪除現有的符號鏈接（如果它指向另一個版本的 libstdc++.so）：

   rm ~/anaconda3/lib/libstdc++.so.6

4. 將其重新鏈接到 libstdc++.so.6.0.xx：

   ln -s libstdc++.so.6.0.xx libstdc++.so.6