使用 R 指定 row.name 打開 CSV 文件時出錯

Question

我有一個大 df（CSV 格式），如下所示：

miRNAs <- c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-6-5p','mmu-mir-6-3p')
cca <- c('12854','5489','54485','2563')
ccb <- c('124','589','5465','25893')
taa <- c('12854','589','5645','763')
df <- data.frame(miRNAs,cca,ccb,taa)

我想在 DESeq2 分析中使用這個 df。 我通過使用unique(df)使這個 df 獨一無二，並嘗試使用countData <- as.matrix(read.csv(file="df.csv", row.name="miRNAs", sep = ","))打開但它給出了這個錯誤

read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, 中的錯誤：不允許重復的“row.names”

由於我使 df unique我不知道為什么這個錯誤不斷彈出。 基本上，我想以這種方式讀取 df 的原因是，當我鍵入colnames(df)時，我想獲取列標題的列表(except the first column) colnames(df) 。 因為我需要做 FALSE TRUE 測試以查看這些匹配是否與另一個名為 phenotype.csv all(rownames(phenotype) == colnames(countData))文件的行名稱匹配

Answer 1

在row.name="miRNAs"參數中，您沒有訪問相應的列，而是使用長度為 1 的字符向量。 然后被回收，這就是你得到錯誤的原因。 不帶row.names參數導入，如果您真的希望該變量作為行名稱而不是列，請在導入后執行此操作：

df <- data.frame(
  miRNAs = c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-6-5p','mmu-mir-6-3p'),
  cca = c('12854','5489','54485','2563'),
  ccb = c('124','589','5465','25893'),
  taa = c('12854','589','5645','763')
  )

rownames(df) <- df$miRNAs
df$miRNAs <- NULL
df
#>                cca   ccb   taa
#> mmu_mir-1-3p 12854   124 12854
#> mmu_mir-1-5p  5489   589   589
#> mmu-mir-6-5p 54485  5465  5645
#> mmu-mir-6-3p  2563 25893   763

^{由reprex 包(v0.3.0) 於 2020 年 2 月 19 日創建}