R ggplot geom.tile 函數中的手動 bin 大小選擇？

Question

有沒有一種方法可以手動設置大小不同的 bin 大小並在特定顏色代碼后為它們着色？

我想要一個帶有 binsizes 的熱圖：0-0.05、0.05-0.25、0.25-0.5、0.5-0.75 和 0.75-1 對於 bin 0-0.05 我想要設置顏色： "#ecefb7"用於剩余的 bins 我想要從low="#7fc8b9"到high="#3a81b5" 。

我確實設法在我的圖例中找到了垃圾箱，但沒有使用特定的顏色編碼。 也許有人知道我如何實現這一目標？

樣本最小數據：

    Group sample     pvalue
1   OG0000010:Up  EB1_D 0.04900000
2 OG0000050:Down  EB1_D 0.19019725
3   OG0000638:Up  EB1_D 0.52008137
4   OG0000010:Up  EN1_D         NA
5   OG0000050:Down  EN1_D 0.01615993
6 OG0000638:Up  EN1_D 0.48958058

到目前為止我使用的代碼：

ggplot(pvaldata2, aes(x=sample, y=Group)) + 
  geom_tile(colour="black", size=0.25, aes(fill=pvalue)) +
  scale_fill_gradient(low="#ecefb7", high="#3a81b5", na.value = "white",
                      breaks = c(0.05, 0.25, 0.5, 0.75), 
                      labels = c("0.05", "0.25", "0.5", "0.75")) +
  theme(axis.text.y = element_text(size = 8))

生成的熱圖但仍然使用錯誤的 bin 顏色：

Answer 1

您可以通過更改克服色階完全控制scale_fill_gradientn ，設定limits到c(0, 1) ，specfiying所有的顏色在一個載體，以及它們在向量位置values 。 在您的情況下，它看起來像這樣：

ggplot(pvaldata2, aes(x = sample, y = Group)) + 
  geom_tile(colour="black", size = 0.25, aes(fill = pvalue)) +
  scale_fill_gradientn(colours = c(rep("#ecefb7", 2), "#7fc8b9", "#3a81b5"),
                       na.value = "white",
                       values = c(0, 0.05, 0.0501, 1),
                       limits = c(0, 1)) +
  theme(axis.text.y = element_text(size = 8))

如您所見，這將NA着色為白色，p 值低於 0.05（甚至非常接近 0.05 的值）為所需的淺黃色，其余為所選漸變。