Snakemake 多個輸入文件，擴展但不重復

Question

我是蛇形的新手，我不知道如何解決這個問題。

我的規則有兩個輸入：

rule test
    input_file1=f1
    input_file2=f2

f1 在 [A{1}$, A{2}£, B{1}€, B{2}¥]

f2 在 [C{1}, C{2}]

這些數字是來自擴展調用的通配符。 我需要找到一種方法將一對與數字完全匹配的文件傳遞給文件 f1 和 f2。 例如：

f1 = A1

f2 = C1

或者

f1 = B1

f2 = C1

我必須避免組合，例如：

f1 = A1

f2 = C2

我會創建一個函數來在文件之間進行這種匹配，但同樣應該同時管理 input_file1 和 input_file2。 我想創建一個函數來創建一個具有不同允許組合的字典，但是在擴展過程中我將如何“迭代”它？

謝謝

Answer 1

假設規則test在輸出中為您提供一個名為{f1}.{f2}.txt ，那么您需要某種機制來正確配對 f1 和 f2 並創建一個{f1}.{f2}.txt文件列表。

如何創建此列表取決於您， expand只是一個方便的功能，但在這種情況下，您可能希望避免使用它。

這是一個超級簡單的例子：

fin1 = ['A1$', 'A2£', 'B1€', 'B2¥']
fin2 = ['C1', 'C2']

outfiles = []
for x in fin1:
    for y in fin2:
        ## Here you pair f1 and f2. This is a very trivial way of doing it:
        if y[1] in x:
            outfiles.append('%s.%s.txt' % (x, y))

wildcard_constraints:
    f1 = '|'.join([re.escape(x) for x in fin1]),
    f2 = '|'.join([re.escape(x) for x in fin2]),

rule all:
    input:
        outfiles,        

rule test: 
    input:
        input_f1 = '{f1}.txt',
        input_f2 = '{f2}.txt',
    output:
        '{f1}.{f2}.txt',
    shell:
        r"""
        cat {input} > {output}
        """

此管道將執行以下命令

cat A2£.txt C2.txt > A2£.C2.txt
cat A1$.txt C1.txt > A1$.C1.txt
cat B1€.txt C1.txt > B1€.C1.txt
cat B2¥.txt C2.txt > B2¥.C2.txt

如果您使用touch 'A1$.txt' 'A2£.txt' 'B1€.txt' 'B2¥.txt' 'C1.txt' 'C2.txt'觸摸起始輸入文件，您應該能夠運行它例子。