運算符優先級如何影響評估順序？
[英]How does Operator Precedence affect Order of evaluation?
賞金將在 6 天后到期。 此問題的答案有資格獲得+50聲望賞金。 tempdev nova正在尋找這個問題的更詳細的答案。 我想問一下運算符優先級如何影響評估順序，而不是它們之間的區別。 為了更好地說明我的問題，我將在下面簡要說明運算符優先級。 以下代碼僅用於演示目的。 考慮： 有些解釋會說，因 ...
Pheatmap 注釋行
[英]Pheatmap Annotation Row
Excuse Essay 所以我做了一個 Deseq 分析，然后獲取了 counts 文件，應用了相同的名稱，然后刪除了一個 NA values ，然后創建了一個名為 sigs 的 ?tibble/table，然后我把它變成了一個數據框： 看起來像這樣： 然后我把它變成一個數據框： 試 ...
查找插入長度超過 number 的測序讀數
[英]Find sequencing reads with insertions longer than number
我試圖從 bam 文件中分離出那些插入長度超過數字（比如說 50bp）的測序讀取。 我想我可以使用雪茄來做到這一點，但我不知道任何簡單的方法來解析它並只保留我想要的讀數。 這就是我需要的： 讀取 1 -> 2M1I89M53I2M 讀取 2 -> 2M1I144M 我應該只保留Read1 ...
如何生成自定義床文件以用於床具相交？
[英]How to generate a custom bed file to use for bedtools intersect?
我有一個自定義參考基因組、gene.fa 和 18 個病床文件。 我想生成一個包含感興趣區域 5100-5600 bp 的床文件，作為一個單獨的條目，我可以使用床工具在我的 18 個床文件上相交。 我正在考慮從參考基因組中復制/粘貼感興趣的區域序列並將其對齊以生成我的床文件。 這樣做的問題是我的參 ...
當我運行 Cellranger 計數時，出現以下錯誤：“The argument '--fastqs<path> ...'需要一個值但沒有提供“</path>
[英]As I run the Cellranger count, I get the following error: "The argument '--fastqs <PATH>...' requires a value but none was supplied"
我遵循 10x Cellranger 步驟並使用相同的文件進行 cellranger 計數。 我從包含所有 PBMC fastq 文件和 GRCh38 文件的 fastq 目錄運行它。 ...
如何將 Affymetrix 探針轉換為基因符號？
[英]How can I convert Affymetrix probes into gene Symbols?
我用oligo和limma進行了Affymetrix數據分析。 現在我需要對上調和下調的基因進行基因富集分析（在EnrichR上，通過搜索基因符號）。 然而，當我注釋我的數據時（使用 clariomshumantranscriptcluster.db 庫，因為我 100% 確定數據屬於人類細胞）並 ...
Haskell >> 有兩個列表的運算符
[英]Haskell >> operator with two lists
對於一項大學作業，我正在學習 Haskell，在閱讀有關使用>>=和>>的做符號和排序時，我遇到了這種我沒有預料到的行為。 誰能解釋為什么第一個數組的每個元素都被第二個數組的元素替換？ 似乎列表以某種方式連接在一起，而我希望第一個表達式的結果被完全忽略，因此我希望[1]作為結 ...
C中兩個文件的二分查找
[英]Binary search between two files in C
我正在嘗試將一些以前編寫的代碼應用於我收集的一些 DNA 測序數據。 我想將我的測序讀數與包含特定條形碼的文檔和 output 匹配每個匹配的命中數。 我在調用這兩個文件進行比較時遇到了一些非常基本的問題。 代碼編譯，但是，當我嘗試在第 77 行調用文件“MOBYtest”時，output 為 0， ...
我如何運行這個 Bismark Bisulfite Sequencing 程序？
[英]How do I run this Bismark Bisulfite Sequencing program?
我對編碼很陌生，所以我不確定如何解決這個問題。 我想查看我們獲得的一些數據並使用 Bismark 對它們進行排序。 我已經使用 Trim Galore 來減少讀取，現在我想將數據導入 Bismark。 但是，我不確定如何解決這個問題。 在文檔中它說它需要運行 Perl，所以我從 github 下載了 ...
在項目列表上設置序列
[英]set a sequence on a list of items
我需要在 C# 中設置一個遞歸函數來設置項目列表的序列號。 更具體地說是一個bom。 對於每個 bom 級別，我需要從 10 開始序列，並以 10 為增量。我如何跟蹤我所處的級別以及要遞增的計數器。 這讓我發瘋。 下面的簡短數據示例，真實的 boms 有數千行和多達 12-15 個級別。 ...
haskell *> 測序算子
[英]haskell *> sequencing operator
我對我的問題的回答提出了一個問題： haskell Either and Validation Applicative 我的代碼張貼在那里。 它涉及使用*>排序運算符而不是<*>應用運算符。 根據https://hackage.haskell.org/package/base-4. ...
如何使用 Python3 中的 biopython 庫從 TB 測序 fasta 文件中找到反向基因（如 pncA）的突變？
[英]How to find Mutations for a reverse oriented gene(like pncA) from TB sequencing fasta file using biopython library in Python3?
要找到類似 S104R 的突變（吡嗪酰胺從 2288681 到 2289241），我們必須首先刪除“-”（用於在 fasta 文件中刪除插入/刪除），然后對其進行反向補碼，然后查找指定密碼子編號的特定突變（這里是 104）。 我已經使用基本的字符串函數找到了答案，但如果可以使用 biopython ...
使用 abs() 對數據集進行排序 function
[英]Sorting dataset with abs() function
我正在嘗試按照這里的小插圖運行基因集富集分析： http://yulab-smu.top/clusterProfiler-book/chapter7.html 我一直在嘗試使用這個特定的代碼： 當我運行上面我得到以下錯誤： 我正在嘗試將 1 的截止值應用於 Log2FoldChange 的數據集（ ...
將 grep 與 patternfile 一起使用會返回不在 patternfile 中的模式（序列名稱）
[英]Using grep with patternfile returns patterns (sequence names) not in patternfile
我正在清理測序數據。 我有一個包含讀取（名稱）的文件，我想用grep找到並最終刪除。 patternfile 文件有 219,721 行長，沒有重復的條目。 序列.fastq文件長 557,514,608 行，沒有重復的名稱。 我用過： grep -f patternfile.txt seque ...
R：獲取向量中第一個實例的索引大於變量但對於整個列
[英]R: Get index of first instance in vector greater than variable but for whole colum
我正在嘗試在 data.table 中創建一個新變量。 它旨在獲取 data.table 中的變量，並將該變量與向量進行比較，並返回向量中大於 data.table 中的變量的第一個觀察值的索引。 例子 對於Variable中的每個觀察值，我想知道ComparatorVector中第一個觀察值的索引 ...
R 中的腳本越界
[英]Script out of bounds in R
我正在使用基於 Deseq2 的代碼。 我的目標之一是 plot 數據的熱圖。 我得到的錯誤是計數錯誤（dds）[topGenes，]：下標超出范圍我的計數（dds）function 的前幾行看起來像這樣。 我如何確保頂級基因的所有元素都存在於其中？ 當我嘗試查看數據集中的 20 個頂級基因時。 它 ...
在 iOS 上安排音頻樣本播放
[英]Scheduling Audio Sample Playback on iOS
在 iOS 應用程序 (Swift) 中，我如何安排音頻樣本在准確時間播放？ 我想通過安排音頻樣本在確切時間播放來制作音樂 - 一系列“曲目”。 我有一些想法，我應該使用 AVFoundation，但我發現文檔缺乏為這個特定用例提供服務。 我理解 AudioKit 存在，但我希望最終將我的應用程 ...
Snakemake：{input:q} 不返回帶引號的輸入
[英]Snakemake: {input:q} does not return quoted input
我正在開發一個 ATACseq 管道，使用 Genrich 與 Snakemake 一起運行。 事實上，Genrich 允許在同一步驟中調用來自多個重復的峰，避免額外的步驟（即 IDR）。 在 Snakemake 中，我找到了同時返回我想要的所有樣本（即從一個條件復制）的方法，但如果每個文件都被 ...
如何計算熊貓列中跨字符串的字符數
[英]How to count characters across strings in a pandas column
我有一個具有以下結構的數據框： 每個字符串都是由字母組成的序列（本例中為 A 到 C）。 我想為每個字母創建一個列表，計算整個熊貓列中每個位置的出現次數。 例如，在第一個字符串中 A 僅在第一個位置/索引中，而不在其他位置。 在第二個字符串中，前兩個位置的 A 不在其他位置在第三個字符串中，A ...
Vcf 到 Bayescan 格式 - perl 腳本無法識別種群
[英]Vcf to Bayescan format - perl script not recognising populations
我正在嘗試將.vcf文件轉換為BayeScan的正確格式。 我已嘗試按照建議使用PGDSpider ，但我的.vcf文件太大，因此出現 memory 問題。 然后我在Github上找到了一個perl腳本，即使它真的很大，它也可以轉換我的文件。 可以在此處找到該腳本。 但是，它不能正確識別我擁有的人口 ...