python中地圖上分層聚類圖的可視化

Question

我正在 python 中啟動一個新項目（通過 jupyter-notebooks 使用），我需要在其中可視化一些層次聚類圖。

我一直在尋找現有的包，但到目前為止我對我所看到的並不信服。 我對聚類過程本身不感興趣，因為這將是項目的另一部分，而且我（大致）知道如何逐步構建圖形。 我正在尋找的是：

1. 用於存儲分層聚類圖的適當數據結構，
2. 允許在地圖上表示圖形的可視化工具（基於節點的 X 和 Y 坐標）並表示集群的子部分，或根據集群的類型或在圖形結構中的深度簡化集群，
3. 理想情況下，帶來一些交互性，例如放大或縮小的能力，或單擊某些群集節點以展開隱藏在群集中的節點。

它看起來非常具體，盡管我看到了一些很酷的軟件包，但我不確定哪一個會有所幫助，而無需太多重新實現。 到目前為止，NetworkX看起來像一個很酷的起點，特別是與一些D3.js（如圖所示這里），但它仍遠從我的想法。

關於從哪里開始挖掘的任何建議？

非常感謝。

戈蒂埃

Answer 1

對於 Python，Seaborn 的clustermaps很好。 Seaborn 主要用於 Pandas 數據幀； 然而，clustermap 的文檔說它可以是矩形數據，所以我認為這意味着其他數組也可以。

也可以看看：

• 帶熱圖的樹狀圖

• SciPy 層次聚類和樹狀圖教程

• Python 中的層次聚類