堆棧內存溢出
  簡體   English   中英

在另一個 package 中包含插入符號會在 devtools::check() 期間出現錯誤 - “沒有 package 稱為 'lattice'”

[英]Including caret in another package gives error during devtools::check() - “there is no package called 'lattice'”

 原文  2020-04-03 16:46:34  0   1    r/ r-caret

問題描述

我正在嘗試在我正在開發的 package 中包含插入符號。 當我運行 devtools::check() 時，我收到一個錯誤“沒有名為 'lattice' 的 package”。 如果我從說明文件的“導入”部分中刪除插入符號，錯誤就會消失。 我不確定是什么導致了這個問題。 格子安裝在我的機器上。

我不知道如何提供可重現的示例，因為 package 正在開發中，因此我在此處包含了 package 的版本。 如果有幫助，我的說明文件（沒有插入符號）看起來像這樣

Package: tswgewrapped
Title: Helpful wrappers for 'tswge', 'vars' and 'nnfor' time series packages
Version: 1.8.10
Authors@R: c(
    person("David", "Josephs", email = "josephsd@smu.edu", role = c("aut", "cre")),
    person("Nikhil", "Gupta", email = "guptan@smu.edu", role = c("aut")))
Description: This package provides several helpful wrappers for the already useful 'tswge', 'vars' and 'nnfor' package. In the future, this package intends to move away from the tswge backend, to be faster, with more readable source code.
License: AGPL-3
Encoding: UTF-8
LazyData: true
Imports: 
    assertr,
    doParallel,
    dplyr,
    ggfortify,
    GGally,
    ggplot2,
    magrittr,
    nnfor,
    rlang,
    pander,
    parallel,
    patchwork,
    purrr,
    R6,
    RColorBrewer,
    Rfast,
    tibble,
    tictoc,
    tswge,
    vars,
    forecast
RoxygenNote: 7.1.0
Suggests: 
    testthat (>= 2.1.0),
    tseries,
    knitr,
    rmarkdown
VignetteBuilder: knitr

這是我的會話信息

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] tswgewrapped_1.8.10 caret_6.0-84        ggplot2_3.3.0       lattice_0.20-41    

loaded via a namespace (and not attached):
  [1] colorspace_1.4-1    class_7.3-15        rprojroot_1.3-2     fs_1.3.1            rstudioapi_0.10     roxygen2_7.1.0     
  [7] remotes_2.1.0       smooth_2.5.5        lubridate_1.7.4     prodlim_2018.04.18  xml2_1.2.0          splines_3.5.1      
 [13] codetools_0.2-16    doParallel_1.0.14   knitr_1.23          pkgload_1.0.2       greybox_0.5.8       nloptr_1.2.1       
 [19] compiler_3.5.1      tictoc_1.0          backports_1.1.4     assertthat_0.2.1    RcppZiggurat_0.1.5  Matrix_1.2-17      
 [25] strucchange_1.5-2   cli_1.1.0           prettyunits_1.0.2   tools_3.5.1         gtable_0.3.0        glue_1.3.1         
 [31] reshape2_1.4.3      dplyr_0.8.5         Rcpp_1.0.1          fracdiff_1.4-2      xopen_1.0.0         lamW_1.3.0         
 [37] urca_1.3-0          tswge_1.0.0         nlme_3.1-137        iterators_1.0.10    vars_1.5-3          lmtest_0.9-37      
 [43] timeDate_3043.102   gower_0.2.1         xfun_0.8            stringr_1.4.0       ps_1.3.0            testthat_2.1.1     
 [49] devtools_2.1.0      statmod_1.4.33      MASS_7.3-51.4       zoo_1.8-6           scales_1.0.0        ipred_0.9-9        
 [55] parallel_3.5.1      sandwich_2.5-1      RColorBrewer_1.1-2  yaml_2.2.0          quantmod_0.4-15     curl_3.3           
 [61] memoise_1.1.0       gridExtra_2.3       pander_0.6.3        rcmdcheck_1.3.3     rpart_4.1-15        reshape_0.8.8      
 [67] stringi_1.4.3       tseries_0.10-47     desc_1.2.0          foreach_1.4.4       TTR_0.23-4          pkgbuild_1.0.3     
 [73] lava_1.6.5          rlang_0.4.2         pkgconfig_2.0.2     purrr_0.3.3         nnfor_0.9.6         recipes_0.1.6      
 [79] patchwork_1.0.0     Rfast_1.9.9         processx_3.4.1      tidyselect_0.2.5    GGally_1.5.0        plyr_1.8.4         
 [85] magrittr_1.5        R6_2.4.0            generics_0.0.2      pillar_1.4.2        withr_2.1.2         xts_0.11-2         
 [91] survival_2.44-1.1   nnet_7.3-12         ggfortify_0.4.8     tibble_2.1.3        crayon_1.3.4        usethis_1.5.1      
 [97] grid_3.5.1          data.table_1.12.2   callr_3.3.1         ModelMetrics_1.2.2  forecast_8.9        digest_0.6.20      
[103] MAPA_2.0.4          assertr_2.7         tidyr_0.8.3         numDeriv_2016.8-1.1 tsutils_0.9.2       stats4_3.5.1       
[109] RcppParallel_4.4.3  munsell_0.5.0       sessioninfo_1.1.1   quadprog_1.5-7

1 個解決方案

解決方案1
 1  2020-04-28 12:22:22

我終於找到了解決我的問題的方法。

解決方案 1

一年多前，我在我的新計算機上安裝了 R，因此使用的是 3.5.1 版本。 出於某種原因（你可以看到我的我的 SessionInfo），插入符號和格子出現在other attached packages下，而不是loaded via a namespace (and not attached) 。

我還注意到，如果我將插入符號放在我的 package 命名空間中，那么devtools::check()的安裝部分雖然沒有任何問題，但是該過程在單元測試部分抱怨格子。

所以我找到的臨時解決方案是在單元測試設置部分（testthat.R）中安裝lattice和forecast包。 這似乎不是一個干凈的解決方案，但它確實有效。 您可以在這里看到 - package 的 1.8.10.8 版本。

if(!require("lattice")){
  # https://github.com/topepo/caret/issues/411#issuecomment-209973908
  install.packages("lattice", repos = "http://cran.us.r-project.org", dependencies = c("Depends", "Imports", "Suggests"))
}

if(!require("forecast")){
  # https://github.com/topepo/caret/issues/411#issuecomment-209973908
  install.packages("forecast", repos = "http://cran.us.r-project.org", dependencies = c("Depends", "Imports", "Suggests"))
}

解決方案 2

昨天，我升級到最新版本的R（3.6.3）並重新安裝了所有的包。 現在您可以從我的 SessionInfo 中看到caret和lattice正確顯示在loaded via a namespace (and not attached)下方。

現在，即使我從單元測試設置部分刪除lattice並forecast package 安裝， devtools::check()一切正常。 所以我相信舊版本的 R 以及它如何與我的設置交互存在一些問題。

> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

Random number generation:
 RNG:     Mersenne-Twister 
 Normal:  Inversion 
 Sample:  Rounding 

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] tswgewrapped_1.8.10.9

loaded via a namespace (and not attached):
  [1] colorspace_1.4-1     ellipsis_0.3.0       class_7.3-15         rprojroot_1.3-2      fs_1.4.1             rstudioapi_0.11     
  [7] roxygen2_7.1.0       remotes_2.1.1        smooth_2.5.6         prodlim_2019.11.13   fansi_0.4.1          lubridate_1.7.8     
 [13] xml2_1.3.1           codetools_0.2-16     splines_3.6.3        doParallel_1.0.15    knitr_1.28           pkgload_1.0.2       
 [19] greybox_0.5.9        nloptr_1.2.2.1       pROC_1.16.2          caret_6.0-86         compiler_3.6.3       tictoc_1.0          
 [25] backports_1.1.6      assertthat_0.2.1     RcppZiggurat_0.1.5   Matrix_1.2-18        strucchange_1.5-2    cli_2.0.2           
 [31] prettyunits_1.1.1    tools_3.6.3          gtable_0.3.0         glue_1.4.0           reshape2_1.4.4       dplyr_0.8.5         
 [37] Rcpp_1.0.4.6         xopen_1.0.0          fracdiff_1.5-1       vctrs_0.2.4          lamW_1.3.0           urca_1.3-0          
 [43] tswge_1.0.0          nlme_3.1-144         iterators_1.0.12     vars_1.5-3           lmtest_0.9-37        timeDate_3043.102   
 [49] gower_0.2.1          xfun_0.13            stringr_1.4.0        ps_1.3.2             testthat_2.3.2       lifecycle_0.2.0     
 [55] devtools_2.3.0       statmod_1.4.34       MASS_7.3-51.5        zoo_1.8-7            scales_1.1.0         ipred_0.9-9         
 [61] parallel_3.6.3       sandwich_2.5-1       RColorBrewer_1.1-2   quantmod_0.4.17      curl_4.3             memoise_1.1.0       
 [67] gridExtra_2.3        ggplot2_3.3.0        pander_0.6.3         rcmdcheck_1.3.3      rpart_4.1-15         reshape_0.8.8       
 [73] stringi_1.4.6        tseries_0.10-47      desc_1.2.0           foreach_1.5.0        TTR_0.23-6           pkgbuild_1.0.6      
 [79] lava_1.6.7           rlang_0.4.5          pkgconfig_2.0.3      pracma_2.2.9         lattice_0.20-38      purrr_0.3.4         
 [85] nnfor_0.9.6          recipes_0.1.10       patchwork_1.0.0      Rfast_1.9.9          processx_3.4.2       tidyselect_1.0.0    
 [91] GGally_1.5.0         plyr_1.8.6           magrittr_1.5         R6_2.4.1             generics_0.0.2       pillar_1.4.3        
 [97] withr_2.1.2          xts_0.12-0           survival_3.1-8       nnet_7.3-12          ggfortify_0.4.9      tibble_3.0.0        
[103] crayon_1.3.4         usethis_1.6.0        grid_3.6.3           data.table_1.12.8    callr_3.4.3          ModelMetrics_1.2.2.2
[109] forecast_8.12        digest_0.6.25        MAPA_2.0.4           assertr_2.7          tidyr_1.0.2          tsutils_0.9.2       
[115] RcppParallel_5.0.0   stats4_3.6.3         munsell_0.5.0        sessioninfo_1.1.1    quadprog_1.5-8

我希望這對未來的讀者有所幫助。 吸取的教訓是不要與最新版本的工具和軟件包太不同步。

暫無
暫無

聲明:本站的技術帖子網頁，遵循CC BY-SA 4.0協議，如果您需要轉載，請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.

相關問題 devtools::check() - 沒有 package 稱為“矩陣” 庫中的錯誤（插入符號）：沒有名為“插入符號”的包 插入符包的預測方法給出錯誤：模型[[1]] $ trainingData $ .outcome中的錯誤 sjPlot安裝期間出現“沒有調用軟件包”錯誤 devtools :: check（）錯誤：依賴包“ flextable”不可用 R軟件包devtools HTTR軟件包安裝錯誤 R Caret軟件包-尺寸錯誤 庫插入符號加載所需的包：格子加載所需的包：ggplot2 R 檢查錯誤--as-cran“沒有名為...的包” devtools::check_man() 給出錯誤但 devtools::check() 沒有
相關標簽
 
粵ICP備18138465號  © 2020-2024 STACKOOM.COM