您好，我想通過我在 R 中的數據集創建 tsne plot。 但是當我寫命令時，我得到了這個錯誤

Question

library(Rtsne)

setwd("n/g")

expression_data <- read.table(file = "zdata.matrix.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
meta_data <- read.table(file = "atac_v1_pbmc_10k_singlecell.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)

tsne_realData <- Rtsne(expression_data, perplexity=10, check_duplicates = FALSE)

# Error in terms.formula(object, data = data) : 
#  '.' in formula and no 'data' argument

Answer 1

我簡要查看了Rtsne package 文檔和 Rtsne() function 要求數據格式為矩陣。 嘗試將 expression_data 轉換為矩陣，然后再將其傳遞給 Rtsne function。 你可以這樣做：

library(Rtsne)

setwd("n/g")

expression_data <- read.table(file = "zdata.matrix.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
meta_data <- read.table(file = "atac_v1_pbmc_10k_singlecell.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
expression_matrix <- as.matrix(expression_data)

tsne_realData <- Rtsne(expression_matrix, perplexity=10, check_duplicates = FALSE)