如何在 igraph 中查找某些頂點的邊 ID？

Question

我在 R 的igraph中遇到get.edge.ids() function 的問題，我需要將奇數個頂點傳遞給它並獲取它們之間的edgeIDs ，但不幸的是它只能獲得成對的頂點示例代碼來生成有向圖：

Graph <- erdos.renyi.game(20, 100 , directed=TRUE, loops=FALSE)

如何調用 get.edge.ids：

get.edge.ids(Graph, c("1", "2", "3)) 

我希望在這些頂點之間獲得所有可能的邊 ID，但它不起作用。 為此，我開發了 function，但速度不夠快。 這是 function：

insideOfCommEdgeIDs <- function(graph, vertices)
{
    out <- matrix()
    condition <- matrix()
    if (length(vertices) < 2) {return(NULL)}
    for (i in vertices)
    {
        for (j in vertices)
        {
            condition <- are_adjacent(graph,i,j)
            ifelse(condition,
                   out <- rbind(out, get.edge.ids(graph, c(i, j), directed=TRUE)),
                   next)
        }
    }
    return(out[!is.na(out)])
}

有什么辦法可以更快地做到這一點？

Answer 1

您可以使用%--%運算符按頂點索引查詢邊，然后使用as_ids()獲取邊索引。

請注意，我使用的是igraph版本 1.2.4.2，所以我使用的是sample_gnm()而不是erdos.renyi.game() 。

library(igraph)

set.seed(1491)

Graph <- sample_gnm(20, 100 , directed = TRUE, loops = FALSE)

as_ids(E(Graph)[c(1, 2, 3) %--% c(1, 2, 3)])
#> [1]  6 12

這與您的自定義 function 中的 output 匹配：

insideOfCommEdgeIDs <- function(graph,vertices)
{
  out <- matrix()
  condition <- matrix()
  if(length(vertices) < 2) {return(NULL)}
  for(i in vertices)
  {
    for (j in vertices)
    {
      condition <- are_adjacent(graph,i,j)
      ifelse(condition,out <- rbind(out,get.edge.ids(graph,c(i,j),directed =  TRUE)),next)
    }
  }
  return(out[!is.na(out)])
}

insideOfCommEdgeIDs(Graph, c(1, 2, 3))
#> [1]  6 12

^{由代表 package (v0.3.0) 於 2020 年 4 月 10 日創建}